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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 做DGGE的童鞋们，有人做过主成分分析（PCA）吗？
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匿名

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1楼 2011-05-04 22:51:50
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匿名

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20楼2012-06-05 16:59:50
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2楼2011-05-05 16:41:12
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xukewei

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DGGE做PCA不太好，因为你用0或1代表条带的有无，但相对丰度信息被忽略了
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3楼2011-05-05 16:47:26
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4楼2011-05-05 17:06:09
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xukewei

铁杆木虫 (正式写手)
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Originally posted by kerrylee_tw at 2011-05-05 17:06:09:
我就用INT那个得分来做，不用你说的那种方法哈，你做过吗？

我做的是T-RFLP的排序分析
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5楼2011-05-05 18:33:48
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tsq0126

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Originally posted by xukewei at 2011-05-05 18:33:48:
我做的是T-RFLP的排序分析

学长你好，最近我也准备做T-RFLP，不过以前没有接触过，你能把你的一些资l料给我看看吗？谢谢学长啦，陶少强（tsq729@126.com）
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6楼2011-05-06 13:08:15
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xukewei

铁杆木虫 (正式写手)
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Originally posted by tsq0126 at 2011-05-06 13:08:15:
学长你好，最近我也准备做T-RFLP，不过以前没有接触过，你能把你的一些资l料给我看看吗？谢谢学长啦，陶少强（tsq729@126.com）

可以在线沟通，我的QQ36293395
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YUANYE1116
7楼2011-05-06 14:01:27
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匿名

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8楼2011-05-07 09:53:22
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tsq0126

金虫 (小有名气)
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Originally posted by tsq0126 at 2011-05-06 13:08:15:
学长你好，最近我也准备做T-RFLP，不过以前没有接触过，你能把你的一些资l料给我看看吗？谢谢学长啦，陶少强（tsq729@126.com）

谢谢你啦，好久没来啦，尽管不做T-RFLP了，以后可能还是要向你请教你呀，哈哈
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9楼2011-06-23 16:34:45
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YUANYE1116

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7楼: Originally posted by xukewei at 2011-05-06 14:01:27:
可以在线沟通，我的QQ36293395

你好，我对分子生物的东西一点不懂，弱弱的问一下通常T-RFLP出来的数据都分析什么指标啊，可以做主成分分析吗？
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10楼2012-03-02 13:26:10
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xukewei

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10楼: Originally posted by YUANYE1116 at 2012-03-02 13:26:10:
你好，我对分子生物的东西一点不懂，弱弱的问一下通常T-RFLP出来的数据都分析什么指标啊，可以做主成分分析吗？

可以，国内相关的论文已经很多，可以查一下
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11楼2012-03-02 14:43:11
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匿名

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12楼2012-03-02 17:11:29
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lihuijunle

木虫 (正式写手)
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我是用Qty的数据做的，图做出来了，但是现在还不知道怎么分析，楼主的进展呢?
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13楼2012-05-29 18:45:57
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匿名

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14楼2012-05-30 02:20:50
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lihuijunle

木虫 (正式写手)
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1562020楼: Originally posted by kerrylee_tw at 2012-05-30 02:20:50
您好，可否解释一下为什么用这部分数据分析吗？我有见有根据有无条带输出的0,1那部分数据进行分析的...

根据有些文献报道，还有做过的人得指点
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15楼2012-05-30 16:31:21
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匿名

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16楼2012-05-30 18:56:49
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lihuijunle

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1562160楼: Originally posted by kerrylee_tw at 2012-05-30 18:56:49
恩，能否给我说说文献的标题呢？我有一点不清楚的地方就是，如果用Qty值的话，每个样品条带数量并不对等，如果用SPSS的话，好像只算所有对待的数据，这样如何解决？...

是用相对数量
每个条带的Qty值/每个泳道所有条带的Qty值之和
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xuxingche
17楼2012-05-31 19:17:02
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18楼2012-06-03 23:18:47
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lihuijunle

木虫 (正式写手)
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1562944楼: Originally posted by kerrylee_tw at 2012-06-03 23:18:47
您好，谢谢你的回复。但我还是有一个疑问，即就算是这样，我曾经作过实验，将Qty值改动一点后，会发现，出来的PCA结果图有明显差异，如果是这样的话，是不是说明ＰＣＡ并不能很好地反应实验结果呢？...

我个人觉得PCA是进行大量样本分析时用的，一般主要是生物统计分析，用在DGGE条带分析上确实有些勉强，而且也是最近几年才开始用的，具体这样做何不合理我觉得还有待检验，我个人现在觉得这样做有些勉强
个人看法，仅供参考
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19楼2012-06-05 09:13:29
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xuxingche

新虫 (初入文坛)
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1562361楼: Originally posted by lihuijunle at 2012-05-31 19:17:02
是用相对数量
每个条带的Qty值/每个泳道所有条带的Qty值之和...

亲，我想请教一下用quantity one软件分析后点击band information for 可以看到有relative Qty（相对数量）的数值，但是下面一行quantity/units是空白，这个什么意思，就是相等的意思吗？
还有就是PCA分析到底用这两行哪个数据呀，还是都用呀，谢啦
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21楼2013-03-05 13:58:40
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考拉003

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最近在学习主成份分析，但是学的不怎么样啊、
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22楼2013-03-05 15:02:06
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cynlicious

新虫 (小有名气)
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