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做DGGE的童鞋们,有人做过主成分分析(PCA)吗?
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2011-05-04 22:51:50
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1562944楼
:
Originally posted by
kerrylee_tw
at 2012-06-03 23:18:47
您好,谢谢你的回复。但我还是有一个疑问,即就算是这样,我曾经作过实验,将Qty值改动一点后,会发现,出来的PCA结果图有明显差异,如果是这样的话,是不是说明PCA并不能很好地反应实验结果呢?...
我个人觉得PCA是进行大量样本分析时用的,一般主要是生物统计分析,用在DGGE条带分析上确实有些勉强,而且也是最近几年才开始用的,具体这样做何不合理我觉得还有待检验,我个人现在觉得这样做有些勉强
个人看法,仅供参考
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19楼
2012-06-05 09:13:29
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xukewei
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小木虫(金币
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):给个红包,谢谢回帖
DGGE做PCA不太好,因为你用0或1代表条带的有无,但相对丰度信息被忽略了
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3楼
2011-05-05 16:47:26
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xukewei
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Originally posted by
kerrylee_tw
at 2011-05-05 17:06:09:
我就用INT那个得分来做,不用你说的那种方法哈,你做过吗?
我做的是T-RFLP的排序分析
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5楼
2011-05-05 18:33:48
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