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肉丸001

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[求助] 设计引物时酶切位点保护碱基的问题

我想在毕赤酵母表达蛋白,用的是pPTC9K,因为目标蛋白中有SnaBI和EcoRI,所以只能用两相邻的AvrII和NotI酶切位点。设计引物的时候找不到AvrII的保护碱基,求助。
    同时也听师兄说保护碱基的格式是有规定的(http://wenku.baidu.com/view/e596a5dba58da0116c1749bf.html参照这个表)。但我之前设计引物的时候都是随便来的,像BamHI我只是象征性的添加几个GC,只要无发夹结构、二聚体就行了,而且也都能p出来。所以我困惑了,保护碱基到底有啥要求?必须按照那个表来,碱基数目及排列都必须一样?

  毕赤酵母组氨酸偏爱密码子为CAC,为减小引物Tm值我选用CAT可否,会影响表达效率么?
  求高手指导,最好能给个QQ进一步咨询。。。

[ Last edited by 肉丸001 on 2011-7-7 at 19:28 ]
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天使托

专家顾问 (职业作家)

T.Shen

【答案】应助回帖


西瓜(金币+1): 是没什么大关系啦,实践检验过的。 2011-07-07 21:43:06
肉丸001(金币+3): 2011-07-07 22:03:39
肉丸001(金币+2): 2011-07-24 11:22:22
个人觉得没有什么需要注意的,只要加完之后平衡两个引物的TM值和GC含量就可以了。。。GCAT无所谓,但是加完之后还是用软件分析一下为好。。。
Whenever,Wherever,Anyway!MustRemember:Fight!KeepFighting!NeverGiveUp!
4楼2011-07-07 20:55:48
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