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松上云雀

木虫 (正式写手)


[交流] 【求助/交流】水稻叶片RNA提取问题

最近提取水稻叶片RNA总是发生降解,不知道什么原因。
跑胶图片显示28S条带没有问题,但是18s下边有降解条带。
提取方法是Trizol法提取,材料是水稻叶片。
大家有什么建议呀?
我把提取RNA的步骤写一下
①用液氮将样品研磨至粉末,取0.1g粉末加入预先装有1ml Trizol的离心管中,摇匀。
②2-8℃下12000g离心10min,将RNA的上清液移入1.5ml离心管中。
③在15-30℃下放置5min,加0.2ml氯仿,剧烈振荡15sec,室温下温浴2-3min。2-8℃下,≤12000g离心15min,把水相移入另一1.5ml离心管中。
④加0.5ml氯仿剧烈振荡15sec,室温下温浴2-3min;2-8℃下,≤12000g离心10min,
⑤取上清,加入500ul异丙醇,沉淀10分钟,12000g离心10min

⑥加入1ml 75%乙醇,2-8℃下≤7500g离心5min,小心将上清液倒掉。
⑦将离心管倒扣在吸水纸上5-10min,每管加30μl的DEPC水,可在55-60℃助溶10min。
最后取2ul电泳。
Trizol使用的是Invitrogen的。

[ Last edited by 松上云雀 on 2011-1-26 at 20:01 ]
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tigertang

木虫 (著名写手)


建议上图,这样大家好分析!
2楼2011-01-26 07:43:16
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松上云雀

木虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by tigertang at 2011-01-26 07:43:16:
建议上图,这样大家好分析!

我跑的电泳看了看,没有拍照,直接扔掉了。
跑出来的图片就是18s下边还有多条条带。
3楼2011-01-26 10:13:36
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amilie030312

金虫 (正式写手)


多酚多糖残留?
4楼2011-01-26 13:45:40
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rioarsenal

金虫 (正式写手)


★ ★
翱宇(金币+2): 谢谢分享经验。 2011-01-26 15:08:26
松上云雀(金币+1): 谢谢,我想问下,你们无菌操作台怎么消毒的呀?就是开一开紫外吗? 2011-01-26 20:02:14
所有不能干热灭菌的,用DEPC水处理24小时以上,其他一律180度干热灭菌4小时。异丙醇等试剂用新的,无菌操作台认真消毒。。
5楼2011-01-26 14:32:52
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快乐小文文

银虫 (著名写手)


是否Trizol被污染了?
6楼2011-01-26 18:58:26
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shaquila

金虫 (正式写手)


7楼2011-01-26 22:50:09
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十比

木虫 (著名写手)



rainwander(金币+1): 鼓励积极参与交流~~~ 2011-01-27 11:45:52
松上云雀(金币+1): 非常感谢! 2011-01-28 06:56:43
18S 下面有多条带,在植物中是正常的吧。我们提的时候也会这样,应该不是降解的问题。
8楼2011-01-27 11:17:05
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shaquila

金虫 (正式写手)



rainwander(金币+1): 鼓励积极参与交流~~~ 2011-01-27 14:28:45
松上云雀(金币+1): 非常感谢! 2011-01-28 06:57:37
我的理解,如果是18s降解,那更大的28s也应该降解,但是28和18如果中间没有明显弥散,5s不是非常亮,应该没问题
9楼2011-01-27 13:25:42
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松上云雀

木虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by shaquila at 2011-01-26 22:50:09:
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2751909
lz是不是如此图

是的,就是这样的图,只是我同学同样提取水稻叶片的RNA,没有我这种情况,我们材料的区别就是品种不同,生长期不同,不知道是不是这个原因造成的不同结果。
10楼2011-01-27 15:11:03
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shaquila

金虫 (正式写手)


我觉得是跑电泳的问题,时间长了,就分开了~~
也有人说是叶绿体RNA
11楼2011-01-27 16:55:16
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shaquila

金虫 (正式写手)


这是我师兄跑得,时间跑得较短,虽然看起来很好,但我觉得它的18s下面也有smear
12楼2011-01-27 17:07:46
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c20050566

银虫 (正式写手)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
哎, 我跑的都有smear 看来是保存RNA 不当.
13楼2011-12-18 23:54:28
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zgb1982

木虫 (正式写手)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
条带多,说明提的好
14楼2011-12-19 09:22:04
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longrna

新虫 (正式写手)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
我觉得带条多并不说明降解,smear倒很可能是降解。
降解是随机的,所以不应该降解成统一大小的条带。
其实电泳时主要看条带有没有锋利,边缘清不清晰,其次再看条带。
当然了,如果是普通的琼脂糖(非变性)条带边缘有一点点的模糊也可以理解。
15楼2011-12-19 09:27:22
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额敏的雪

金虫 (著名写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
我用invitragen提水稻叶片RNA,异丙醇沉淀的时候,出现很多絮状物,离心清洗后,这些沉淀根本不溶,何解?
16楼2014-05-15 19:25:14
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