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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 帮忙鉴定下这个水稻叶片RNA怎么回事?
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shaquila

金虫 (正式写手)

[交流] 帮忙鉴定下这个水稻叶片RNA怎么回事? 已有2人参与

跑电泳有点奇怪,普通1%琼脂糖电泳,220v 10分钟
顶上那条代应该是28s,但是为什么那么细,别人说可能是基因组,但是基因组应该是很粗的,不会这么单一,做PCR没有跑出基因组条带,不过18s比较浓,和28s不成比例,后来又跑了一次,发现貌似是和别的RNA粘在一起,另外,,看不见5s,听说水稻叶片RNA比较多带,这样正常吗?
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1楼 2011-09-24 11:56:08
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poog502

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
西瓜(金币+4): 分析得很好！ 2011-09-26 13:20:29
西瓜(金币+4): 分析得很好！ 2011-09-26 13:20:31
西瓜(金币-4): 网络问题给重复了，撤回4金币。抱歉！ 2011-09-27 13:39:23
顶上哪条带是残余的基因组DNA污染，所提取的RNA质量还可以，28S是18S的约两倍，表明RNA降解很很少，可以满足反转录PCR的需要。如果做qRT-PCR或Real-time PCR需要继续去除残余的DNA污染。5S哪条带没有表明一、可能降解了；二可能是浓度太低所致。
总体是正常的。可以放心使用。
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2楼2011-09-26 08:40:48
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shaquila

金虫 (正式写手)
怀疑有可能是DNA,后来又跑了一次
第一个是我随机抽取的一个样,后一个是同学提的用于基因芯片的RNA
发现那条应该不是DNA,而是25s,下面可能是18S和16S混在一起的?

附上两张文章里面的图,右边的L和M分别是幼叶和老叶
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3楼2011-09-27 12:09:59
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shaquila

金虫 (正式写手)
其实跑叶子的RNA应该时间加长了跑,因为里面有很多rRNA,但是我又怕降解,所以一般都只跑10-15
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4楼2011-09-27 12:11:40
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
15分钟足够了，28S理论上应该是18S的2倍，但是从亮度来看不一定每次都满足2倍。28S和18S的条带清晰且没有拖尾，说明没有降解，可以往下做的。
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5楼2011-09-27 13:42:21
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shaquila

金虫 (正式写手)
谢谢bz,周末做了下real time,这次结果不错,有重复性
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6楼2011-09-27 14:50:46
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