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liusha80167木虫 (正式写手)
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【求助/交流】求生物信息高手指教
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今天做了个blastn 部分结果很奇怪，以前从来没遇到过，还请高手帮忙解决： output文件： BLASTN 2.2.18 [Mar-02-2008] Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Query= 1452_1848_129,28,+;3609_x1 (28 letters) Database: Publicknow_TE.gff.seq 431,743 sequences; 90,834,805 total letters Searching..................................................done Score E Sequences producing significant alignments: (bits) Value scaffold1883_TransposonPrediction BGIBMKNOWNTEA00399324 Target ... 32 0.092 nscaf3026_TransposonPrediction BGIBMKNOWNTEA00303428 Target "L1... 32 0.092 nscaf2865_TransposonPrediction BGIBMKNOWNTEA00182017 Target "gy... 32 0.092 nscaf2948_TransposonPrediction BGIBMKNOWNTEA00242753 Target "L1... 30 0.28 ................................... >scaffold1060_TransposonPrediction BGIBMKNOWNTEA00389796 target "TRAS3-2" 4324 1 class "LINE-BM"_1_- Length = 1557 Score = 28.5 bits (17), Expect = 0.83 Identities = 4/19 (21%) Strand = Plus / Plus Query: 3 cattttaaggaaataattt 21 | | | | Sbjct: 458 tcggaaccagaatggggct 476 >nscaf2948_TransposonPrediction BGIBMKNOWNTEA00242753 Target "L1Bm-2" 193 298 class "LINE-BM"_261_+ Length = 108 Score = 30.1 bits (18), Expect = 0.28 Identities = 0/28 (0%) Strand = Plus / Plus Query: 1 tacattttaaggaaataattttaactag 28 Sbjct: 194 221 命令如下：nohup blastall -p blastn -i inputfile -o outputfile -d ./database -W 7 -q -1 -F F -I T & 所有文件均为fasta格式 |
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