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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】请求高手指点，帮忙解释下TMHMM预测结果
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dandan_hui

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】请求高手指点，帮忙解释下TMHMM预测结果

[img]我在TMHMM上分析了一下膜蛋白结构，但是不清楚结果中outside和inside是什么意思，如果是质膜上的蛋白outside和inside分别指哪，如果是液泡膜上的蛋白又分别指哪
一下是分析结果
# Sequence Length: 546
# Sequence Number of predicted TMHs:  12
# Sequence Exp number of AAs in TMHs: 240.68005
# Sequence Exp number, first 60 AAs:  33.35831
# Sequence Total prob of N-in:        0.50079
# Sequence POSSIBLE N-term signal sequence
Sequence        TMHMM2.0        outside             1    19
Sequence        TMHMM2.0        TMhelix            20    42
Sequence        TMHMM2.0        inside            43    50
Sequence        TMHMM2.0        TMhelix            51    68
Sequence        TMHMM2.0        outside            69    82
Sequence        TMHMM2.0        TMhelix            83   100
Sequence        TMHMM2.0        inside           101   111
Sequence        TMHMM2.0        TMhelix           112   134
Sequence        TMHMM2.0        outside           135   148
Sequence        TMHMM2.0        TMhelix           149   168
Sequence        TMHMM2.0        inside           169   174
Sequence        TMHMM2.0        TMhelix           175   197
Sequence        TMHMM2.0        outside           198   216
Sequence        TMHMM2.0        TMhelix           217   239
Sequence        TMHMM2.0        inside           240   265
Sequence        TMHMM2.0        TMhelix           266   288
Sequence        TMHMM2.0        outside           289   302
Sequence        TMHMM2.0        TMhelix           303   320
Sequence        TMHMM2.0        inside           321   340
Sequence        TMHMM2.0        TMhelix           341   363
Sequence        TMHMM2.0        outside           364   382
Sequence        TMHMM2.0        TMhelix           383   402
Sequence        TMHMM2.0        inside           403   414
Sequence        TMHMM2.0        TMhelix           415   437
Sequence        TMHMM2.0        outside           438   546
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1楼 2011-03-14 15:01:30
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

清浅23

新虫 (初入文坛)
★
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12个跨膜螺旋，最上面那条3色的线，桃红色代表的是膜外，大红色代表的是跨膜，蓝色代表膜外，想象一下跨膜蛋白是不是有一些氨基酸在膜外，螺旋在膜上，还有一些在膜外。
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13楼2014-01-14 16:13:52
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cyz20050505

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
你关注多少个跨膜螺旋就行了呗，outside和inside是指这个蛋白的部分肽链是在膜外还是在膜内，如果细胞膜，肯定在细胞质内的叫inside，但如果是液泡膜的话，因为液泡本身在细胞质内，所以此时位于细胞质的肽链为outside而在液泡内的为inside。EPI发给我啊，我回答的很详细哈。
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12楼2011-06-15 14:30:00
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普通回帖

dandan_hui

木虫 (正式写手)
高手帮帮忙吧，着急啊
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2楼2011-03-14 20:51:07
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wqj1988926

金虫 (正式写手)
学习一下，最近也要做这方面的了
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3楼2011-03-14 22:19:34
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dandan_hui

木虫 (正式写手)
共同学习了
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4楼2011-03-15 10:01:11
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dandan_hui

木虫 (正式写手)
为什么没人回答呢
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5楼2011-03-15 16:45:15
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丫头7976

铜虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
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西瓜(金币+4): Good！ 2011-06-12 08:57:29
质膜上的蛋白outside和inside分别指的是细胞膜外和细胞膜内，我不明白的是# Sequence Exp number of AAs in TMHs: 240.68005
# Sequence Exp number, first 60 AAs:  33.35831表示什么意思，还有# Sequence Total prob of N-in:  0.50079 是表示N端在细胞膜内的可能性为0.50079吗？ 咋没人讨论这个呢，请高手指点
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6楼2011-06-11 21:26:34
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啮风

铜虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by 丫头7976 at 2011-06-11 21:26:34:
质膜上的蛋白outside和inside分别指的是细胞膜外和细胞膜内，我不明白的是# Sequence Exp number of AAs in TMHs: 240.68005
# Sequence Exp number, first 60 AAs:  33.35831表示什么意思，还有# Sequence Tota ...

好吧，我的英语不好，直接给原文吧：
Length: the length of the protein sequence.
Number of predicted TMHs: The number of predicted transmembrane helices.
Exp number of AAs in TMHs: The expected number of amino acids intransmembrane helices. If this number is larger than 18 it is very likely to be a transmembrane protein (OR have a signal peptide).
Exp number, first 60 AAs: The expected number of amino acids in transmembrane helices in the first 60 amino acids of the protein. If this number more than a few, you should be warned that a predicted transmembrane helix in the N-term could be a signal peptide.
Total prob of N-in: The total probability that the N-term is on the cytoplasmic side of the membrane.
POSSIBLE N-term signal sequence: a warning that is produced when "Exp number, first 60 AAs" is larger than 10.
___________________这个估计是不看帮助，守株待兔，高手一看，回答吧，现成答案在那~~~~~~~~~~~~~~~所以就走了，还是呼吁大家有些东西，能找到标准的，还是看原版，毕竟硕士阶段也得学会文献检索吧，提问尽量是一些实际操作中，教科书找不到现成答案的技术性问题，或者一些思考。
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8楼2011-06-13 02:16:08
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丫头7976

铜虫 (正式写手)
★
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引用回帖:
Originally posted by 啮风 at 2011-06-13 02:16:08:
好吧，我的英语不好，直接给原文吧：
Length: the length of the protein sequence.
Number of predicted TMHs: The number of predicted transmembrane helices.
Exp number of AAs in TMHs: The expect ...

多谢你的答案啊 ，可是你下面说的这些中文是什么意思啊，断断续续的，不明白
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9楼2011-06-13 08:51:02
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丫头7976

铜虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by 丫头7976 at 2011-06-13 08:51:02:
多谢你的答案啊 ，可是你下面说的这些中文是什么意思啊，断断续续的，不明白

哦 有点明白了，你是说关于TMHMM的这个问题很简单，或者文献资料中都有，所以高手不懒得回答这种低级的问题吧，要大家问一些试验中遇到的在教科书中没有答案的问题，哎 楼主说话耐人寻味啊，高人啊
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10楼2011-06-13 08:59:11
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
人家是说，你提的问题，在软件的帮助文档里就有现成答案，软件如何使用建议你多看看自带的帮助文档，不要怕看英文……
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11楼2011-06-13 11:15:13
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清浅23

新虫 (初入文坛)
蓝色代表膜内，打错字了
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14楼2014-01-14 16:14:54
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小呀么萝卜

禁虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
15楼2018-08-14 09:32:30
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西瓜7楼
2011-06-12 08:57   回复  
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