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[交流]
【求助/交流】请求高手指点，帮忙解释下TMHMM预测结果
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[img]我在TMHMM上分析了一下膜蛋白结构，但是不清楚结果中outside和inside是什么意思，如果是质膜上的蛋白outside和inside分别指哪，如果是液泡膜上的蛋白又分别指哪 一下是分析结果 # Sequence Length: 546 # Sequence Number of predicted TMHs: 12 # Sequence Exp number of AAs in TMHs: 240.68005 # Sequence Exp number, first 60 AAs: 33.35831 # Sequence Total prob of N-in: 0.50079 # Sequence POSSIBLE N-term signal sequence Sequence TMHMM2.0 outside 1 19 Sequence TMHMM2.0 TMhelix 20 42 Sequence TMHMM2.0 inside 43 50 Sequence TMHMM2.0 TMhelix 51 68 Sequence TMHMM2.0 outside 69 82 Sequence TMHMM2.0 TMhelix 83 100 Sequence TMHMM2.0 inside 101 111 Sequence TMHMM2.0 TMhelix 112 134 Sequence TMHMM2.0 outside 135 148 Sequence TMHMM2.0 TMhelix 149 168 Sequence TMHMM2.0 inside 169 174 Sequence TMHMM2.0 TMhelix 175 197 Sequence TMHMM2.0 outside 198 216 Sequence TMHMM2.0 TMhelix 217 239 Sequence TMHMM2.0 inside 240 265 Sequence TMHMM2.0 TMhelix 266 288 Sequence TMHMM2.0 outside 289 302 Sequence TMHMM2.0 TMhelix 303 320 Sequence TMHMM2.0 inside 321 340 Sequence TMHMM2.0 TMhelix 341 363 Sequence TMHMM2.0 outside 364 382 Sequence TMHMM2.0 TMhelix 383 402 Sequence TMHMM2.0 inside 403 414 Sequence TMHMM2.0 TMhelix 415 437 Sequence TMHMM2.0 outside 438 546  |
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5楼2011-03-15 16:45:15
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
西瓜(金币+4): Good！ 2011-06-12 08:57:29
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西瓜(金币+4): Good！ 2011-06-12 08:57:29
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质膜上的蛋白outside和inside分别指的是细胞膜外和细胞膜内，我不明白的是# Sequence Exp number of AAs in TMHs: 240.68005 # Sequence Exp number, first 60 AAs: 33.35831表示什么意思，还有# Sequence Total prob of N-in: 0.50079 是表示N端在细胞膜内的可能性为0.50079吗？ 咋没人讨论这个呢，请高手指点 |
6楼2011-06-11 21:26:34
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
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好吧，我的英语不好，直接给原文吧： Length: the length of the protein sequence. Number of predicted TMHs: The number of predicted transmembrane helices. Exp number of AAs in TMHs: The expected number of amino acids intransmembrane helices. If this number is larger than 18 it is very likely to be a transmembrane protein (OR have a signal peptide). Exp number, first 60 AAs: The expected number of amino acids in transmembrane helices in the first 60 amino acids of the protein. If this number more than a few, you should be warned that a predicted transmembrane helix in the N-term could be a signal peptide. Total prob of N-in: The total probability that the N-term is on the cytoplasmic side of the membrane. POSSIBLE N-term signal sequence: a warning that is produced when "Exp number, first 60 AAs" is larger than 10. ___________________这个估计是不看帮助，守株待兔，高手一看，回答吧，现成答案在那~~~~~~~~~~~~~~~所以就走了，还是呼吁大家有些东西，能找到标准的，还是看原版，毕竟硕士阶段也得学会文献检索吧，提问尽量是一些实际操作中，教科书找不到现成答案的技术性问题，或者一些思考。 |
8楼2011-06-13 02:16:08
9楼2011-06-13 08:51:02
10楼2011-06-13 08:59:11
11楼2011-06-13 11:15:13
14楼2014-01-14 16:14:54
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15楼2018-08-14 09:32:30
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西瓜7楼
2011-06-12 08:57
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