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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】psf文件的生成
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redhaier

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】psf文件的生成 已有4人参与

我是新手，想用namd做铂电极加水的体系，已经有了结构的pdb文件，但是需要psf文件， 要如何定义segment产生psf呢，是不是segment的命名必需能在topology文件中找到啊，我对蛋白质这块实在不了解，请高手指教。

贴上生成psf的脚本

mkdir -p output
rm -f output/Pt_water.pdb
# (1) Split input PDB file into segments}
# (2) Embed the psfgen commands in this script
psfgen << ENDMOL
topology /usr/lib/vmd/plugins/noarch/tcl/membrane1.0/top_all27_prot_lipid.inp
segment  Ptw {pdb Pt_water.pdb}
writepsf output/Pt_water.psf
writepdb output/Pt_water.pdb
# End of psfgen commands
ENDMOL

最后生成的psf 和pdb文件是空的。btw, topology文件的选择有没有讲究啊，我是随便找了一个放上去的。。。
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1楼 2010-06-04 20:53:59
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★
redhaier(金币+2):感谢回复 2010-06-05 17:11:42
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-06 16:59:12
你有体系的全部力场参数吗, 否则真的不适合用namd
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2楼2010-06-05 09:31:01
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redhaier

金虫 (小有名气)
没有，可是一般都怎么处理新体系呢，或者如何为新体系产生力场参数？
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-06-05 09:31:01:
你有体系的全部力场参数吗, 否则真的不适合用namd

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3楼2010-06-05 17:13:38
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-06-05 19:00:40
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-06-06 16:59:25
redhaier(金币+2):thanks 2010-06-08 21:53:07
内容已删除
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4楼2010-06-05 17:29:01
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-06-06 16:59:37
redhaier(金币+3):谢谢回复 2010-06-07 17:57:16
做铂电极加水的体系？你要研究什么东西？预期铂电极和水之间发生什么？你要先有设计，才能选择力场。

如果仅是提供个静电作用，那很简单。namd自带的力场就可以了。
如果是铂电极和水之间的化学反应，那得小心选择量子力学方法
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5楼2010-06-06 16:53:22
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redhaier

金虫 (小有名气)
我只是想用静电作用得到一系列随机结构，然后用DFT算，所以就是很简单的要求，
兄台能告诉我如何使用namd自带力场吗？
引用回帖:
Originally posted by wally8962 at 2010-06-06 16:53:22:
做铂电极加水的体系？你要研究什么东西？预期铂电极和水之间发生什么？你要先有设计，才能选择力场。

如果仅是提供个静电作用，那很简单。namd自带的力场就可以了。
如果是铂电极和水之间的化学反应，那得小心 ...

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6楼2010-06-07 17:59:24
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
redhaier(金币+5):that helps, thanks 2010-06-08 00:09:58
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-06-08 12:10:37
很简单的要求，但是你选择了一条比较复杂的途径。
生成psf你需要了解其中的规则，有点麻烦。如果你未来不做蛋白质，不做大规模MD，就不值了。
这么简单的事情其实也用不上namd。namd的长处不在这里。
你可以用hyperchem，或者其他类似软件，相对来说简单多了，智能化多了。
有了坐标、原子类型，电荷。选中一种力场，然后他会做好其他事。
Enjoy it
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7楼2010-06-07 22:59:43
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574384607

银虫 (小有名气)
redhaier(金币+2):thanks 2010-06-08 21:50:47
引用回帖:
Originally posted by redhaier at 2010-06-04 20:53:59:
我是新手，想用namd做铂电极加水的体系，已经有了结构的pdb文件，但是需要psf文件， 要如何定义segment产生psf呢，是不是segment的命名必需能在topology文件中找到啊，我对蛋白质这块实在不了解，请高手指教。

...

我也是新手
psf文件可以通过vmd自动生成啊，不用非要输命令手动生成啊
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8楼2010-06-08 21:14:05
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redhaier

金虫 (小有名气)
是那个autopsf 模块吗?
引用回帖:
Originally posted by 574384607 at 2010-06-08 21:14:05:

我也是新手
psf文件可以通过vmd自动生成啊，不用非要输命令手动生成啊

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9楼2010-06-08 21:52:24
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
redhaier(金币+2):thanks 2010-06-08 23:03:30
lei0736(金币+3):谢谢 2010-06-09 10:00:50
引用回帖:
Originally posted by redhaier at 2010-06-08 21:52:24:
是那个autopsf 模块吗?



极端不推荐使用autopsf, 这个会让你忽略很多本质的东西
尤其是这种不是namd 常用的处理体系
楼主要做的有两件事
1 寻找/计算力场参数 + 制作namd 能读入的文件(par, top)
2 尝试一下其他软件, 如MS
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10楼2010-06-08 22:08:34
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