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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】psf文件的生成
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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redhaier

金虫 (小有名气)
请问楼主，hyperchem能读xyz格式的文件吗，我试了试，比较好用，但是就是输入这块不大方便，我用的版本是7.5，读xyz报什么没有HIN关键字之类的错。
引用回帖:
Originally posted by wally8962 at 2010-06-07 22:59:43:
很简单的要求，但是你选择了一条比较复杂的途径。
生成psf你需要了解其中的规则，有点麻烦。如果你未来不做蛋白质，不做大规模MD，就不值了。
这么简单的事情其实也用不上namd。namd的长处不在这里。
你可以用 ...

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11楼2010-06-09 00:14:55
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-06-09 07:33:22
redhaier(金币+1):thanks 2010-06-09 16:58:57
引用回帖:
Originally posted by redhaier at 2010-06-09 00:14:55:
请问楼主，hyperchem能读xyz格式的文件吗，我试了试，比较好用，但是就是输入这块不大方便，我用的版本是7.5，读xyz报什么没有HIN关键字之类的错。



ms你才是楼主吧。xyz大概是能读的，很久没用，不记得了。你摸索一下吧。
hin格式很简单，实在不行你可以自己转化一下
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12楼2010-06-09 00:59:55
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574384607

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-06-08 22:08:34:

极端不推荐使用autopsf, 这个会让你忽略很多本质的东西
尤其是这种不是namd 常用的处理体系
楼主要做的有两件事
1 寻找/计算力场参数 + 制作namd 能读入的文件(par, top)
2 尝试一下其他软件, 如MS

版主我想问两个问题：
1.在VMD中使用该文件调用psfgen数据包，对蛋白质pdb生成psf都是用吗？对别的物质有效吗？
2.能不能用MS  discover中的.xtd模型导入vmd使用，生成namd或vmd的可识别执行文件啊？
谢谢
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13楼2010-06-09 08:49:16
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
lei0736(金币+3):谢谢 2010-06-09 10:01:09
引用回帖:
Originally posted by 574384607 at 2010-06-09 08:49:16:

版主我想问两个问题：
1.在VMD中使用该文件调用psfgen数据包，对蛋白质pdb生成psf都是用吗？对别的物质有效吗？
2.能不能用MS  discover中的.xtd模型导入vmd使用，生成namd或vmd的可识别执行文件啊？
谢谢

1 psfgen 可以处理任何结构, 前提是必须有定义了该结构的top 文件
如果非生化的体系的话, 这个可能要自己制作
2 xtd 可能不行, 但pdb 是可以的
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14楼2010-06-09 09:32:32
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
lei0736(金币+3):谢谢 2010-06-09 10:01:27
12l

两个问题答案是，直接做都不行；但搞明白了之后，经过很多辅助步骤之后就可以了

你要知道，要计算任何体系都首先需要对该体系的定义和描述。根本不认识的东西，怎么做？

即使是蛋白质，常见氨基酸就20种，你要是要做个不常见的氨基酸，那也没法直接来

namd里面的top、par，就是对物质的描述和定义。先去读这两个文件吧
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15楼2010-06-09 09:35:44
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574384607

银虫 (小有名气)
redhaier(金币+1):thanks 2010-06-09 16:59:16
引用回帖:
Originally posted by redhaier at 2010-06-08 21:52:24:
是那个autopsf 模块吗?



是啊，我看说明书上说的时也可以自动生成，讲解的手动声称是为了加深理解，我原先以为是没什么区别，但是今天版主说.....，我也不知道啦
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16楼2010-06-09 09:56:40
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lvchababy

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
请问一下，那句命令：rm -f output/Pt_water.pdb  是什么意思。我按照同样的格式输入，得出这样一句话：ambiguous command name "rm": rmsdtool_tk_cb rmsdtt_tk_cb   。怎么回事，谢谢
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你简单，世界也学着你简单；你开心，人们也学着你开心；你对生活充满希望，老天才会帮你。所以我们要：哈哈哈哈哈哈哈~~~
17楼2011-05-27 19:34:15
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dubo

金虫 (著名写手)

优秀版主
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
奥，原来NAMD用psf啊，我一直用GROMACS，呵呵，见识了
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18楼2011-06-05 22:38:21
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duotojh

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
内容已删除
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19楼2011-06-13 14:30:20
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duotojh

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-06-13 18:29:37
老外已经提过类似的问题，并有解答可供参考：

On Mon, 1 Sep 2008, Neelanjana Sengupta wrote:

  > Dear all,
  >
  > I was wondering if any of you have simulated a system that contains
  > Platinum. If so, did you use it along with the CHARMM force field? Would you
  > mind sharing the Pt non-bonding parameters with me?

I know a few people that did simulations of platinum containing systems, but they were all using QM/MM methods to model the platinum and its environment (and that is a tricky one to get right in plain QM calculations to begin with). thus now special force-field parameters are needed.

cheers,
   axel.
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20楼2011-06-13 14:45:48
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