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redhaier

金虫 (小有名气)

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[交流] 【求助】psf文件的生成已有4人参与

我是新手，想用namd做铂电极加水的体系，已经有了结构的pdb文件，但是需要psf文件，要如何定义segment产生psf呢，是不是segment的命名必需能在topology文件中找到啊，我对蛋白质这块实在不了解，请高手指教。

贴上生成psf的脚本

mkdir -p output
rm -f output/Pt_water.pdb
# (1) Split input PDB file into segments}
# (2) Embed the psfgen commands in this script
psfgen << ENDMOL
topology /usr/lib/vmd/plugins/noarch/tcl/membrane1.0/top_all27_prot_lipid.inp
segment Ptw {pdb Pt_water.pdb}
writepsf output/Pt_water.psf
writepdb output/Pt_water.pdb
# End of psfgen commands
ENDMOL

最后生成的psf 和pdb文件是空的。btw, topology文件的选择有没有讲究啊，我是随便找了一个放上去的。。。

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1楼 2010-06-04 20:53:59

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

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lei0736(金币+3):谢谢 2010-06-09 10:01:09

引用回帖:

Originally posted by 574384607 at 2010-06-09 08:49:16:

版主我想问两个问题：
1.在VMD中使用该文件调用psfgen数据包，对蛋白质pdb生成psf都是用吗？对别的物质有效吗？
2.能不能用MS discover中的.xtd模型导入vmd使用，生成namd或vmd的可识别执行文件啊？
谢谢

1 psfgen 可以处理任何结构, 前提是必须有定义了该结构的top 文件
如果非生化的体系的话, 这个可能要自己制作
2 xtd 可能不行, 但pdb 是可以的