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【求助】psf文件的生成 已有4人参与
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我是新手，想用namd做铂电极加水的体系，已经有了结构的pdb文件，但是需要psf文件， 要如何定义segment产生psf呢，是不是segment的命名必需能在topology文件中找到啊，我对蛋白质这块实在不了解，请高手指教。 贴上生成psf的脚本 mkdir -p output rm -f output/Pt_water.pdb # (1) Split input PDB file into segments} # (2) Embed the psfgen commands in this script psfgen << ENDMOL topology /usr/lib/vmd/plugins/noarch/tcl/membrane1.0/top_all27_prot_lipid.inp segment Ptw {pdb Pt_water.pdb} writepsf output/Pt_water.psf writepdb output/Pt_water.pdb # End of psfgen commands ENDMOL 最后生成的psf 和pdb文件是空的。btw, topology文件的选择有没有讲究啊，我是随便找了一个放上去的。。。 |
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