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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】psf文件的生成
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redhaier

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】psf文件的生成 已有4人参与

我是新手，想用namd做铂电极加水的体系，已经有了结构的pdb文件，但是需要psf文件， 要如何定义segment产生psf呢，是不是segment的命名必需能在topology文件中找到啊，我对蛋白质这块实在不了解，请高手指教。

贴上生成psf的脚本

mkdir -p output
rm -f output/Pt_water.pdb
# (1) Split input PDB file into segments}
# (2) Embed the psfgen commands in this script
psfgen << ENDMOL
topology /usr/lib/vmd/plugins/noarch/tcl/membrane1.0/top_all27_prot_lipid.inp
segment  Ptw {pdb Pt_water.pdb}
writepsf output/Pt_water.psf
writepdb output/Pt_water.pdb
# End of psfgen commands
ENDMOL

最后生成的psf 和pdb文件是空的。btw, topology文件的选择有没有讲究啊，我是随便找了一个放上去的。。。
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1楼 2010-06-04 20:53:59
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
redhaier(金币+5):that helps, thanks 2010-06-08 00:09:58
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-06-08 12:10:37
很简单的要求，但是你选择了一条比较复杂的途径。
生成psf你需要了解其中的规则，有点麻烦。如果你未来不做蛋白质，不做大规模MD，就不值了。
这么简单的事情其实也用不上namd。namd的长处不在这里。
你可以用hyperchem，或者其他类似软件，相对来说简单多了，智能化多了。
有了坐标、原子类型，电荷。选中一种力场，然后他会做好其他事。
Enjoy it
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7楼2010-06-07 22:59:43
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★
redhaier(金币+2):感谢回复 2010-06-05 17:11:42
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-06 16:59:12
你有体系的全部力场参数吗, 否则真的不适合用namd
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2楼2010-06-05 09:31:01
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redhaier

金虫 (小有名气)
没有，可是一般都怎么处理新体系呢，或者如何为新体系产生力场参数？
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-06-05 09:31:01:
你有体系的全部力场参数吗, 否则真的不适合用namd

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3楼2010-06-05 17:13:38
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-06-06 16:59:37
redhaier(金币+3):谢谢回复 2010-06-07 17:57:16
做铂电极加水的体系？你要研究什么东西？预期铂电极和水之间发生什么？你要先有设计，才能选择力场。

如果仅是提供个静电作用，那很简单。namd自带的力场就可以了。
如果是铂电极和水之间的化学反应，那得小心选择量子力学方法
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5楼2010-06-06 16:53:22
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