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hongchenlyan

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[交流] 【求助/交流】为什么测序之后各个菌落之间总会有碱基的差异？已有8人参与

设计引物从基因组DNA中扩增了一个序列，转化到大肠杆菌中，挑取多个菌落测序，为什么各个菌落之间总会有几个碱基的差异？？PCR扩增使用的高保真酶。

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1楼 2010-04-26 14:50:07

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度百

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scelab(金币+1):正解 2010-04-26 17:23

高保真酶也不是100%不出现失误，高保真酶也只是相对而言。只是出现失误的概率比较小而已。

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我在故我思！

2楼2010-04-26 14:54:07

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lihaoexe

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1949stone(金币+1): 2010-04-27 07:51

可能是测序的问题，测序开始的部分片段是不准确的

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3楼2010-04-26 15:05:57

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hongchenlyan

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引用回帖:

Originally posted by lihaoexe at 2010-04-26 15:05:57:
可能是测序的问题，测序开始的部分片段是不准确的

这一问题应该通过去除载体序列而消除了，测序引物与片段插入位点会有几十个碱基。而且我的序列是1000bp左右，中间也会有碱基的差异。

4楼2010-04-26 15:40:52

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hongchenlyan

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scelab(金币+2):欢迎上图~~~ 2010-04-26 17:23

再加一部分序列比对图片，而且有些差异是一个序列与其余三个序列不同。

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5楼2010-04-26 15:51:19

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duanyongzhong

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1949stone(金币+1): 2010-04-27 07:51

有差异才对呀没差异就有问题了

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6楼2010-04-26 19:24:17

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段家一凡

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引用回帖:

Originally posted by duanyongzhong at 2010-04-26 19:24:17:
有差异才对呀没差异就有问题了

还是误导，同一个基因怎么会有差异。应该是PCR过程的出错，换一种pfu酶试一下。

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7楼2010-04-27 01:32:48

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hongchenlyan

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顶起。求原因？

8楼2010-04-27 08:51:07

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dfl204

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也要看你的模板是什么了

如果以gDNA或者cDNA lib为模板，可能会有SNP出现的可能

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9楼2010-04-27 09:07:08

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小周

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拿胶图好好比较一下吧，测序有时候也不完全正确

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10楼2010-04-27 09:09:33

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