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碱基成分分析所用软件
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| 我想分析一段序列的碱基成分，不知道用什么软件或是在线网站，各位大哥大姐帮忙一下啊。。。最好有步骤。 |
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robertorun
金虫 (正式写手)
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
amisking: 金币+2, 鼓励发帖帮助解答问题。 2012-05-05 20:15:07
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amisking: 金币+2, 鼓励发帖帮助解答问题。 2012-05-05 20:15:07
grep "^[^>]" ...... | perl -e 'while(<> {$count_N+=s/N//g; $count_A+=s/A//g; $count_T+=s/T//g; $count_C+=s/C//g; $count_G+=s/G//g; } ; $count_sum=$count_G+$count_C+$count_A+$count_T; $count_GC=$count_G+$count_C; $GC_content=$count_GC/$count_sum ; $count_all=$count_sum+$count_N; $N_content=$count_N/$count_all ; print "N:"."$count_N"."\nA:"."$count_A"."\nT:"."$count_T"."\nC:"."$count_C"."\nG:"."$count_G"."\nAll:"."$count_all"."\nN_content:"."$N_content"."\nGC:"."$count_GC"."\nGC_content:"."$GC_content" ;' grep "^[^>]" ....... | sed -e 's/./&\n/g' | sort | uniq -c | sort -n (速度慢) 以上两段命令都可以轻松解决，你的序列少，用第二个吧 |
2楼2012-05-05 14:32:11
3楼2012-05-05 20:38:43
4楼2012-05-07 14:35:41
5楼2012-05-09 14:17:56
6楼2012-05-10 10:18:43
7楼2012-05-10 11:13:17