| 查看: 2031 | 回复: 6 | |||
[求助]
碱基成分分析所用软件
|
| 我想分析一段序列的碱基成分，不知道用什么软件或是在线网站，各位大哥大姐帮忙一下啊。。。最好有步骤。 |
回复此楼» 猜你喜欢
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有6人回复
-
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有15人回复
-
科研人应该花精力去思考如何解决问题，而不是去凝练问题
已经有14人回复
-
要骂人了，新模版改版就是要淡化问题凝练这种虚的东西，结果有个评委还在说凝练得不够
已经有17人回复
-
基金系统什么内容也没有
已经有10人回复
-
学科评审组评审是指会评吗？
已经有5人回复
-
面上合作单位盖章
已经有9人回复
-
面上函评意见出来了，像什么等级？
已经有17人回复
-
小白求助 投论文要求的highlights应该如何写
已经有4人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 成分分析
已经有3人回复
- 一篇文章中的统计问题——主成分分析！
已经有68人回复
- 请问DNA（20碱基对）用什么基质测MALDITOF MS？
已经有5人回复
- 已经得到cDNA部分碱基序列，怎么样用RACE技术扩增基因的3‘和5’末端
已经有11人回复
- 帮忙分析下该XRF的成分组成
已经有17人回复
- 【求助】GC-MS分析挥发性成分
已经有8人回复
- 【专题】PCR实验技术指南
已经有535人回复
robertorun
金虫 (正式写手)
- 应助: 11 (小学生)
- 金币: 925.3
- 散金: 889
- 红花: 4
- 帖子: 522
- 在线: 76.3小时
- 虫号: 513047
- 注册: 2008-02-27
- 专业: 生物信息学
【答案】应助回帖
★ ★
感谢参与，应助指数 +1
amisking: 金币+2, 鼓励发帖帮助解答问题。 2012-05-05 20:15:07
感谢参与，应助指数 +1
amisking: 金币+2, 鼓励发帖帮助解答问题。 2012-05-05 20:15:07
grep "^[^>]" ...... | perl -e 'while(<> {$count_N+=s/N//g; $count_A+=s/A//g; $count_T+=s/T//g; $count_C+=s/C//g; $count_G+=s/G//g; } ; $count_sum=$count_G+$count_C+$count_A+$count_T; $count_GC=$count_G+$count_C; $GC_content=$count_GC/$count_sum ; $count_all=$count_sum+$count_N; $N_content=$count_N/$count_all ; print "N:"."$count_N"."\nA:"."$count_A"."\nT:"."$count_T"."\nC:"."$count_C"."\nG:"."$count_G"."\nAll:"."$count_all"."\nN_content:"."$N_content"."\nGC:"."$count_GC"."\nGC_content:"."$GC_content" ;' grep "^[^>]" ....... | sed -e 's/./&\n/g' | sort | uniq -c | sort -n (速度慢) 以上两段命令都可以轻松解决，你的序列少，用第二个吧 |
2楼2012-05-05 14:32:11
3楼2012-05-05 20:38:43
4楼2012-05-07 14:35:41
5楼2012-05-09 14:17:56
6楼2012-05-10 10:18:43
7楼2012-05-10 11:13:17
30