Siesta 分子动力学模拟，10x10x10的盒子里将氢分子旋转90度，控温效果为什么会不同？
在10x10x10的盒子里，做单个H2分子动力学模拟，目标温度为30k。在input.fdf文件里只改变了H2的坐标（键长不变，仅仅旋转一定角度），控温效果却完全不同: 两个氢原子沿着y方向，温度在8到31 k范围内波动；旋转为沿着z方向，温度在28到31 k范围内波动。我用了不同的热浴方法，结果差不多。单个水分子也存在这种情况。有哪位大佬知道是什么原因？
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暂时似乎难判断。是否尝试过对分子平移很小的一个长度，看看是否有差异？如果仍然差异明显我觉得可能是密度网格或其他精度不足引起的。
我还跑过2个H2和2个H2O分子的，也会出现上面的情况
一个是基组试一下用平滑的限制势产生，另一个就是网格稍微密集一些，你看下旋转之后能量和力有什么变化，先排除一下这方面原因试试
，
不太明白“基组试一下用平滑的限制势产生”