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yszheng

新虫 (初入文坛)

[求助] Siesta 分子动力学模拟,10x10x10的盒子里将氢分子旋转90度,控温效果为什么会不同?

在10x10x10的盒子里,做单个H2分子动力学模拟,目标温度为30k。在input.fdf文件里只改变了H2的坐标(键长不变,仅仅旋转一定角度),控温效果却完全不同: 两个氢原子沿着y方向,温度在8到31 k范围内波动;旋转为沿着z方向,温度在28到31 k范围内波动。我用了不同的热浴方法,结果差不多。单个水分子也存在这种情况。有哪位大佬知道是什么原因?

Siesta 分子动力学模拟,10x10x10的盒子里将氢分子旋转90度,控温效果为什么会不同?


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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

暂时似乎难判断。是否尝试过对分子平移很小的一个长度,看看是否有差异?如果仍然差异明显我觉得可能是密度网格或其他精度不足引起的。
不一定挂在论坛,计算问题问题欢迎留言。
2楼2021-05-12 00:42:15
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yszheng

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2021-05-12 00:42:15
暂时似乎难判断。是否尝试过对分子平移很小的一个长度,看看是否有差异?如果仍然差异明显我觉得可能是密度网格或其他精度不足引起的。

必须有15金币才能发帖。我测试过k点,cutoff等,对结果基本没有影响!

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3楼2021-05-14 09:09:54
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yszheng

新虫 (初入文坛)

我还跑过2个H2和2个H2O分子的,也会出现上面的情况

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4楼2021-05-14 09:14:39
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

引用回帖:
3楼: Originally posted by yszheng at 2021-05-14 09:09:54
必须有15金币才能发帖。我测试过k点,cutoff等,对结果基本没有影响!
...

一个是基组试一下用平滑的限制势产生,另一个就是网格稍微密集一些,你看下旋转之后能量和力有什么变化,先排除一下这方面原因试试。
不一定挂在论坛,计算问题问题欢迎留言。
5楼2021-05-14 09:53:30
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yszheng

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 卡开发发 at 2021-05-14 09:53:30
一个是基组试一下用平滑的限制势产生,另一个就是网格稍微密集一些,你看下旋转之后能量和力有什么变化,先排除一下这方面原因试试。...

k点密度不影响能量和力。但旋转前后力是不一样的。第一张是diffy(两个氢原子仅y不同),第二张是diff-xyz(两个氢原子xyz都不同)(键长一致)。diff-y的两个氢原子y方向受力要比diff-xyz的大许多。此外我还用vasp测试,氢分子旋转前后温度波动也是有很大差异的!
Siesta 分子动力学模拟,10x10x10的盒子里将氢分子旋转90度,控温效果为什么会不同?-13


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6楼2021-05-14 15:45:44
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yszheng

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by yszheng at 2021-05-14 15:45:44
k点密度不影响能量和力。但旋转前后力是不一样的。第一张是diffy(两个氢原子仅y不同),第二张是diff-xyz(两个氢原子xyz都不同)(键长一致)。diff-y的两个氢原子y方向受力要比diff-xyz的大许多。此外我还用vas ...

图的顺序有误,第一张是diff-xyz,第三张是diff-y

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7楼2021-05-14 15:46:41
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yszheng

新虫 (初入文坛)

不太明白“基组试一下用平滑的限制势产生”

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8楼2021-05-14 15:54:18
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