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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » Siesta 分子动力学模拟，10x10x10的盒子里将氢分子旋转90度，控温效果为什么会不同？
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yszheng

新虫 (初入文坛)

[求助] Siesta 分子动力学模拟，10x10x10的盒子里将氢分子旋转90度，控温效果为什么会不同？

在10x10x10的盒子里，做单个H2分子动力学模拟，目标温度为30k。在input.fdf文件里只改变了H2的坐标（键长不变，仅仅旋转一定角度），控温效果却完全不同: 两个氢原子沿着y方向，温度在8到31 k范围内波动；旋转为沿着z方向，温度在28到31 k范围内波动。我用了不同的热浴方法，结果差不多。单个水分子也存在这种情况。有哪位大佬知道是什么原因？

Siesta 分子动力学模拟，10x10x10的盒子里将氢分子旋转90度，控温效果为什么会不同？


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1楼 2021-05-11 12:24:16
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
暂时似乎难判断。是否尝试过对分子平移很小的一个长度，看看是否有差异？如果仍然差异明显我觉得可能是密度网格或其他精度不足引起的。
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不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
2楼2021-05-12 00:42:15
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yszheng

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2021-05-12 00:42:15
暂时似乎难判断。是否尝试过对分子平移很小的一个长度，看看是否有差异？如果仍然差异明显我觉得可能是密度网格或其他精度不足引起的。

必须有15金币才能发帖。我测试过k点，cutoff等，对结果基本没有影响！

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3楼2021-05-14 09:09:54
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yszheng

新虫 (初入文坛)
我还跑过2个H2和2个H2O分子的，也会出现上面的情况

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4楼2021-05-14 09:14:39
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
3楼: Originally posted by yszheng at 2021-05-14 09:09:54
必须有15金币才能发帖。我测试过k点，cutoff等，对结果基本没有影响！
...

一个是基组试一下用平滑的限制势产生，另一个就是网格稍微密集一些，你看下旋转之后能量和力有什么变化，先排除一下这方面原因试试。
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不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
5楼2021-05-14 09:53:30
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yszheng

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 卡开发发 at 2021-05-14 09:53:30
一个是基组试一下用平滑的限制势产生，另一个就是网格稍微密集一些，你看下旋转之后能量和力有什么变化，先排除一下这方面原因试试。...

k点密度不影响能量和力。但旋转前后力是不一样的。第一张是diffy（两个氢原子仅y不同），第二张是diff-xyz（两个氢原子xyz都不同）（键长一致）。diff-y的两个氢原子y方向受力要比diff-xyz的大许多。此外我还用vasp测试，氢分子旋转前后温度波动也是有很大差异的！
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6楼2021-05-14 15:45:44
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yszheng

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by yszheng at 2021-05-14 15:45:44
k点密度不影响能量和力。但旋转前后力是不一样的。第一张是diffy（两个氢原子仅y不同），第二张是diff-xyz（两个氢原子xyz都不同）（键长一致）。diff-y的两个氢原子y方向受力要比diff-xyz的大许多。此外我还用vas ...

图的顺序有误，第一张是diff-xyz，第三张是diff-y

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7楼2021-05-14 15:46:41
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yszheng

新虫 (初入文坛)
不太明白“基组试一下用平滑的限制势产生”

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8楼2021-05-14 15:54:18
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996247712

新虫 (著名写手)
我问问有没有SIESTA教程，多少钱，helingfeng0123@163.com        1 9 8 9 6 9 4 8 2 2 6。
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9楼2026-04-20 22:21:43
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