24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
查看: 1634  |  回复: 7
【悬赏金币】回答本帖问题,作者yszheng将赠送您 22 个金币
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

yszheng

新虫 (初入文坛)

[求助] Siesta 分子动力学模拟,10x10x10的盒子里将氢分子旋转90度,控温效果为什么会不同?

在10x10x10的盒子里,做单个H2分子动力学模拟,目标温度为30k。在input.fdf文件里只改变了H2的坐标(键长不变,仅仅旋转一定角度),控温效果却完全不同: 两个氢原子沿着y方向,温度在8到31 k范围内波动;旋转为沿着z方向,温度在28到31 k范围内波动。我用了不同的热浴方法,结果差不多。单个水分子也存在这种情况。有哪位大佬知道是什么原因?

Siesta 分子动力学模拟,10x10x10的盒子里将氢分子旋转90度,控温效果为什么会不同?


Siesta 分子动力学模拟,10x10x10的盒子里将氢分子旋转90度,控温效果为什么会不同?-1


Siesta 分子动力学模拟,10x10x10的盒子里将氢分子旋转90度,控温效果为什么会不同?-2


Siesta 分子动力学模拟,10x10x10的盒子里将氢分子旋转90度,控温效果为什么会不同?-3


Siesta 分子动力学模拟,10x10x10的盒子里将氢分子旋转90度,控温效果为什么会不同?-4


Siesta 分子动力学模拟,10x10x10的盒子里将氢分子旋转90度,控温效果为什么会不同?-5


Siesta 分子动力学模拟,10x10x10的盒子里将氢分子旋转90度,控温效果为什么会不同?-6


Siesta 分子动力学模拟,10x10x10的盒子里将氢分子旋转90度,控温效果为什么会不同?-7


Siesta 分子动力学模拟,10x10x10的盒子里将氢分子旋转90度,控温效果为什么会不同?-8


Siesta 分子动力学模拟,10x10x10的盒子里将氢分子旋转90度,控温效果为什么会不同?-9


Siesta 分子动力学模拟,10x10x10的盒子里将氢分子旋转90度,控温效果为什么会不同?-10


Siesta 分子动力学模拟,10x10x10的盒子里将氢分子旋转90度,控温效果为什么会不同?-11


Siesta 分子动力学模拟,10x10x10的盒子里将氢分子旋转90度,控温效果为什么会不同?-12


发自小木虫Android客户端
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yszheng

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 卡开发发 at 2021-05-14 09:53:30
一个是基组试一下用平滑的限制势产生,另一个就是网格稍微密集一些,你看下旋转之后能量和力有什么变化,先排除一下这方面原因试试。...

k点密度不影响能量和力。但旋转前后力是不一样的。第一张是diffy(两个氢原子仅y不同),第二张是diff-xyz(两个氢原子xyz都不同)(键长一致)。diff-y的两个氢原子y方向受力要比diff-xyz的大许多。此外我还用vasp测试,氢分子旋转前后温度波动也是有很大差异的!
Siesta 分子动力学模拟,10x10x10的盒子里将氢分子旋转90度,控温效果为什么会不同?-13


Siesta 分子动力学模拟,10x10x10的盒子里将氢分子旋转90度,控温效果为什么会不同?-14


Siesta 分子动力学模拟,10x10x10的盒子里将氢分子旋转90度,控温效果为什么会不同?-15



发自小木虫Android客户端
6楼2021-05-14 15:45:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

暂时似乎难判断。是否尝试过对分子平移很小的一个长度,看看是否有差异?如果仍然差异明显我觉得可能是密度网格或其他精度不足引起的。
不一定挂在论坛,计算问题问题欢迎留言。
2楼2021-05-12 00:42:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yszheng

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2021-05-12 00:42:15
暂时似乎难判断。是否尝试过对分子平移很小的一个长度,看看是否有差异?如果仍然差异明显我觉得可能是密度网格或其他精度不足引起的。

必须有15金币才能发帖。我测试过k点,cutoff等,对结果基本没有影响!

发自小木虫Android客户端
3楼2021-05-14 09:09:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yszheng

新虫 (初入文坛)

我还跑过2个H2和2个H2O分子的,也会出现上面的情况

发自小木虫Android客户端
4楼2021-05-14 09:14:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
不应助 确定回帖应助 (注意:应助才可能被奖励,但不允许灌水,必须填写15个字符以上)
信息提示
请填处理意见