你在瞎扯吧，牛顿定律只适用于宏观

严格的说，在原子级尺度上应该使用量子力学来描述运动过程，但是实际上，无论是在常见的第一性原理计算中，还是在分子力学、分子动力学模拟中，多数情况下，运动就是用牛顿力学描述的，直到遇到必须涉及量子特性的时候才会添加“修正”因素。所以楼主可以先只考虑牛顿力学，能符合就OK，不能就再改。

分子动力学应该是遵循牛顿第二定律的

对于绝大多数情况下的原子、分子以及纳米团簇，量子力学都会退化成经典力学，因此它们的运动符合牛顿方程。这一点正是分子动力学这个模拟方法的理论根基，它既可以从理论上严格推导出来（见书籍Marx & Hutter - Ab Initio Molecular Dynamics的2.1节，该书可以在https://libgen.rs/下载），也已经被无数次模拟与实验的吻合所支持。

一个简单判断经典力学是否适用的方法是所谓的经典极限：原子的德布罗意波长lambda是否显著小于原子间距a，即 lambda<a。其中a在晶体中就是晶格常数，在分子中就是化学键长，通常在埃也就是0.1nm量级。而 lambda=h/(2*pi*mk_BT)^0.5，代入几个物理常数之后就得到 lambda=7/(MT)^0.5 埃，其中M为原子相对质量，T为温度（单位K）。

举例，H原子，M=1，那么常温300K下 lambda=0.4埃，和H-H键长0.7埃很接近，因此氢气有量子效应，但不显著；低温比如10K下，lambda=2埃，已经大于键长了，量子效应会非常显著。正因为如此，模拟H原子运动往往不能用牛顿力学，而要借助路径积分这种量子方法。
再举例，C原子，M=12，那么常温300K下 lambda=0.1埃，明显小于C-C键长（2埃左右），所以量子效应可以忽略；低温比如10K下，lambda=0.6埃，变大了但是仍然小于C-C键长，所以量子效应不会太显著。

总之，只要不是极低温、不是氢氦这样的轻原子，量子效应都可以忽略，原子运动都可以用牛顿方程描述。原子间作用力以及衍生出来的分子间、表面间作用力等等，可以在两本非常好的专著中找到详细的讲解：Israelachvili - Intermolecular and Surface Forces (2011)，Kaplan - Intermolecular Interactions (2006)，也可以在上面提到的网站中下载，