有人用sparcc做过microbiome network analysis吗
如题,
手上有细菌16S rRNA的扩增子测序数据。打算看看OTU之间的相关性如何
(主要有三个感兴趣的OTU,想了解它们对宿主上的其他菌十分有促进或抑制作用,所以想从正负相关上推断下)。
翻看网页似乎用得比较多的是sparcc
想请教有相关经验的大神具体代码和参数,可私信我!
谢谢
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(主要有三个感兴趣的OTU,想了解它们对宿主上的其他菌十分有促进或抑制作用,所以想从正负相关上推断下)。
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