我认为你建树的挑的序列有问题。如果你这些菌株不是同一种菌，应该分别建树，每一棵树，用的都是同一种菌的序列。在一棵树上把多种菌都列出来，我是没见过。你在知网上搜一下“16S 分离鉴定”，基本上出来的文章里都有建树，自己分析以下每一个研究者建树所选择的序列。如有误，请大家批评指正，

你可以检查下用的序列，是否“反向互补了”。我之前做分类的时候，就是因为公司返给我的测序数据是反向互补的，建树就一直游离在外面。如果没有反向互补，建议到NCBI上进行blast，确定是哪个属，以防材料被污染。