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基因测序审稿人问题回复求助，急急急！

作者 雨巷12: 来源: 小木虫 650 13 举报帖子

各位大神，投稿时审稿人提了两个关于基因测序的问题：How did the authors rarefy the data? What is the threshold for the rarefaction?但是我不知道怎么回答，也不知道是从哪方面回答，怎样稀释数据？稀释的阈值？这个rarefy到底是什么意思呢？问测序公司，测序公司也不知道怎么回答，谁能帮忙解决？谢谢。。。感激不尽。。。返回小木虫查看更多

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精华评论

416114799

测序里面rarefraction是稀释度的意思，可以用来衡量测序深度的。就是说你的样品测多少条序列，这些序列通过软件，比如R语言或者Mothor等在100-97-95-90-85%等水平有多少个OTUs。比如测了100序列，如果都不一样，对角可以画一条线是不是，如果发现70个很不一样，那么就是曲线了，如果发现只有10来个不一样，其他都一样，说明大部分都测到了，多是重复序列。那么曲线就接近跟x轴平行了。这样的线就是rarefraction curves。结合你的内容看看
雨巷12

引用回帖:
2楼: Originally posted by 416114799 at 2017-04-12 01:26:30
测序里面rarefraction是稀释度的意思，可以用来衡量测序深度的。就是说你的样品测多少条序列，这些序列通过软件，比如R语言或者Mothor等在100-97-95-90-85%等水平有多少个OTUs。比如测了100序列，如果都不一样，对角 ...

非常感谢您的回复，我差不多可以理解，再麻烦问您一下这个 threshold for the rarefaction是从哪里看呢？我问测序公司他们也不清楚，这个是自己设置的数值吗？还是默认的？稀释曲线和多样性指数，如chao指数和Shannon指数有联系吗
，
雨巷12

引用回帖:
4楼: Originally posted by 在线侯编辑 at 2017-04-12 12:39:15

谢谢
416114799

此外，你得说你用什么方法进行测序深度分析，比如R语言？还是Mothot
416114799

你的分析方法就是他要你回答的第一个问题了