应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 学术交流区 » 论文投稿 » 论文写作 » 基因测序审稿人问题回复求助，急急急！
141/2返回列表12下一页
查看: 1854  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

雨巷12

新虫 (初入文坛)

[求助] 基因测序审稿人问题回复求助，急急急！ 已有1人参与

各位大神，投稿时审稿人提了两个关于基因测序的问题：How did the authors rarefy the data? What is the threshold for the rarefaction?但是我不知道怎么回答，也不知道是从哪方面回答，怎样稀释数据？稀释的阈值？这个rarefy到底是什么意思呢？问测序公司，测序公司也不知道怎么回答，谁能帮忙解决？谢谢。。。感激不尽。。。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2017-04-11 20:36:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

416114799

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
paperhunter: 金币+3, 鼓励交流 2017-04-27 23:35:15
测序里面rarefraction是稀释度的意思，可以用来衡量测序深度的。就是说你的样品测多少条序列，这些序列通过软件，比如R语言或者Mothor等在100-97-95-90-85%等水平有多少个OTUs。比如测了100序列，如果都不一样，对角可以画一条线是不是，如果发现70个很不一样，那么就是曲线了，如果发现只有10来个不一样，其他都一样，说明大部分都测到了，多是重复序列。那么曲线就接近跟x轴平行了。这样的线就是rarefraction curves。结合你的内容看看

发自小木虫Android客户端
赞一下(1人) 回复此楼
做人做事要低调,默默践行心中的梦想.
2楼2017-04-12 01:26:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

416114799

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
雨巷12: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2017-04-27 16:21:47
引用回帖:
9楼: Originally posted by 雨巷12 at 2017-04-12 15:22:53
测序深度会用到“rarefy”和“rarefaction”这两个词吗？测序公司倒是给了稀释曲线，也没有100%的线

84RAT}`KU}36SXK7KI)]817.png
...

就是这个东西，横轴是测序数量，这个你可以问公司的，问他们一个样品测了多少个序列。这个就是100%那个线的依据。此外，你问下你图中三条线分别表示%多少相似性。从你的图来看，测序深度是足够了。你可以把这个图附上，告诉审稿人，你测序保证有20万个序列/样品，这些数据是用什么软件分析的。稀释度曲线只是一个概念，当然就是为了描述测序深度的，没有别的用途。至于OTUs，Chao等是通过软件分析的结果，也会受测序深度的影响，不过跟稀释度之间是没有关系的。
赞一下(1人) 回复此楼
做人做事要低调,默默践行心中的梦想.
10楼2017-04-12 18:42:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

416114799

至尊木虫 (知名作家)
我认为第一个问题是问你：你的数据是通过什么手段进行分析的？rarefy也有精选、挑选的意思，其实就是用软件对你的数据经行统计的过程，即，稀释度分析过程；第二个问题是问你：你数据进行稀释度分析时的极限是多少，这个极限就是100%那个意思，即，测序深度（每个样品测的序列个数，稀释度曲线的X轴）。你回答问题可以谦虚点，最后加句话，说不知道我理解是否正确，还望多多指教（Please let me know if I misunderstand your comments）。
赞一下(1人) 回复此楼
做人做事要低调,默默践行心中的梦想.
11楼2017-04-12 18:47:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

雨巷12

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 416114799 at 2017-04-12 01:26:30
测序里面rarefraction是稀释度的意思，可以用来衡量测序深度的。就是说你的样品测多少条序列，这些序列通过软件，比如R语言或者Mothor等在100-97-95-90-85%等水平有多少个OTUs。比如测了100序列，如果都不一样，对角 ...

非常感谢您的回复，我差不多可以理解，再麻烦问您一下这个 threshold for the rarefaction是从哪里看呢？我问测序公司他们也不清楚，这个是自己设置的数值吗？还是默认的？稀释曲线和多样性指数，如chao指数和Shannon指数有联系吗？
赞一下 回复此楼
3楼2017-04-12 12:22:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

在线侯编辑


发自小木虫Android客户端
4楼2017-04-12 12:39:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

雨巷12

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 在线侯编辑 at 2017-04-12 12:39:15

谢谢
回复此楼
5楼2017-04-12 14:07:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

416114799

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 雨巷12 at 2017-04-12 12:22:59
非常感谢您的回复，我差不多可以理解，再麻烦问您一下这个 threshold for the rarefaction是从哪里看呢？我问测序公司他们也不清楚，这个是自己设置的数值吗？还是默认的？稀释曲线和多样性指数，如chao指数和Shan ...

我理解会不会就是你的测序深度的意思，我们测序都会有一个测多少个的数值，所谓的阈值。不知道你是否没有画稀释度曲线图？根据图可以看出来的，就是我说的那个100%的线。OTUs跟CHAO等是有关系的，软件计算会自己给出来的。可参考下面文献?Arsenic?and?phosphate?rock impacted the abundance and diversity of bacterial arsenic oxidase and reductase genes in rhizosphere of As-hyperaccumulator?Pteris vittata

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
做人做事要低调,默默践行心中的梦想.
6楼2017-04-12 14:33:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

416114799

至尊木虫 (知名作家)
此外，你得说你用什么方法进行测序深度分析，比如R语言？还是Mothot

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
做人做事要低调,默默践行心中的梦想.
7楼2017-04-12 14:35:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

416114799

至尊木虫 (知名作家)
你的分析方法就是他要你回答的第一个问题了

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
做人做事要低调,默默践行心中的梦想.
8楼2017-04-12 14:35:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

雨巷12

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 416114799 at 2017-04-12 14:33:29
我理解会不会就是你的测序深度的意思，我们测序都会有一个测多少个的数值，所谓的阈值。不知道你是否没有画稀释度曲线图？根据图可以看出来的，就是我说的那个100%的线。OTUs跟CHAO等是有关系的，软件计算会自己给 ...

测序深度会用到“rarefy”和“rarefaction”这两个词吗？测序公司倒是给了稀释曲线，也没有100%的线
基因测序审稿人问题回复求助，急急急！
84RAT}`KU}36SXK7KI)]817.png
赞一下 回复此楼
9楼2017-04-12 15:22:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 雨巷12 的主题更新
141/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！ +9 苏东坡二世 2026-08-23 9/450 2026-08-29 14:41 by hustersqt
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 4/200 2026-08-29 14:13 by jCd0dEvKHShX
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 9/450 2026-08-29 14:03 by jCd0dEvKHShX
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 4/200 2026-08-29 14:02 by jCd0dEvKHShX
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 9/450 2026-08-29 13:41 by jCd0dEvKHShX
[找工作] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 11:51 by jCd0dEvKHShX
[找工作] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 11:29 by jCd0dEvKHShX
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 9/450 2026-08-29 11:18 by jCd0dEvKHShX
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗？ +3 349506619 2026-08-28 3/150 2026-08-29 10:49 by 木风9012
[教师之家] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-29 09:26 by G6APbkg8SA6w
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难 +12 Kittylucky 2026-08-27 13/650 2026-08-29 00:04 by superceng
[基金申请] 系统查不到 +11 董八千 2026-08-26 11/550 2026-08-28 18:06 by Leogzhya
[基金申请] 基金不中，共勉 +11 eulota 2026-08-26 11/550 2026-08-28 14:22 by 火星超人xi
[基金申请] 申请删除本帖 +6 lyz123lyz 2026-08-27 7/350 2026-08-27 17:31 by 宁静致远sy
[基金申请] 看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[文学芳草园] 梦想 +3 myrtle 2026-08-26 3/150 2026-08-27 10:01 by angelyueyi
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +7 process2012 2026-08-23 10/500 2026-08-26 19:23 by hmhminy
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +23 koalala 2026-08-24 26/1300 2026-08-26 14:29 by 宝贝虫子
[基金申请] 国合现在查不到了吗？ +10 chengyan1220 2026-08-24 20/1000 2026-08-26 08:57 by peasantsprig
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑，不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭