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雨巷12

新虫 (初入文坛)

[求助] 基因测序审稿人问题回复求助,急急急! 已有1人参与

各位大神,投稿时审稿人提了两个关于基因测序的问题:How did the authors rarefy the data? What is the threshold for the rarefaction?但是我不知道怎么回答,也不知道是从哪方面回答,怎样稀释数据?稀释的阈值?这个rarefy到底是什么意思呢?问测序公司,测序公司也不知道怎么回答,谁能帮忙解决?谢谢。。。感激不尽。。。
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4楼2017-04-12 12:39:15
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416114799

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
paperhunter: 金币+3, 鼓励交流 2017-04-27 23:35:15
测序里面rarefraction是稀释度的意思,可以用来衡量测序深度的。就是说你的样品测多少条序列,这些序列通过软件,比如R语言或者Mothor等在100-97-95-90-85%等水平有多少个OTUs。比如测了100序列,如果都不一样,对角可以画一条线是不是,如果发现70个很不一样,那么就是曲线了,如果发现只有10来个不一样,其他都一样,说明大部分都测到了,多是重复序列。那么曲线就接近跟x轴平行了。这样的线就是rarefraction curves。结合你的内容看看

发自小木虫Android客户端
做人做事要低调,默默践行心中的梦想.
2楼2017-04-12 01:26:30
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雨巷12

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 416114799 at 2017-04-12 01:26:30
测序里面rarefraction是稀释度的意思,可以用来衡量测序深度的。就是说你的样品测多少条序列,这些序列通过软件,比如R语言或者Mothor等在100-97-95-90-85%等水平有多少个OTUs。比如测了100序列,如果都不一样,对角 ...

非常感谢您的回复,我差不多可以理解,再麻烦问您一下这个 threshold for the rarefaction是从哪里看呢?我问测序公司他们也不清楚,这个是自己设置的数值吗?还是默认的?稀释曲线和多样性指数,如chao指数和Shannon指数有联系吗?
3楼2017-04-12 12:22:59
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雨巷12

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 在线侯编辑 at 2017-04-12 12:39:15

谢谢
5楼2017-04-12 14:07:48
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