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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 学术交流区 » 论文投稿 » 论文写作 » 基因测序审稿人问题回复求助，急急急！
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雨巷12

新虫 (初入文坛)

[求助] 基因测序审稿人问题回复求助，急急急！ 已有1人参与

各位大神，投稿时审稿人提了两个关于基因测序的问题：How did the authors rarefy the data? What is the threshold for the rarefaction?但是我不知道怎么回答，也不知道是从哪方面回答，怎样稀释数据？稀释的阈值？这个rarefy到底是什么意思呢？问测序公司，测序公司也不知道怎么回答，谁能帮忙解决？谢谢。。。感激不尽。。。
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1楼 2017-04-11 20:36:19
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416114799

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
paperhunter: 金币+3, 鼓励交流 2017-04-27 23:35:15
测序里面rarefraction是稀释度的意思，可以用来衡量测序深度的。就是说你的样品测多少条序列，这些序列通过软件，比如R语言或者Mothor等在100-97-95-90-85%等水平有多少个OTUs。比如测了100序列，如果都不一样，对角可以画一条线是不是，如果发现70个很不一样，那么就是曲线了，如果发现只有10来个不一样，其他都一样，说明大部分都测到了，多是重复序列。那么曲线就接近跟x轴平行了。这样的线就是rarefraction curves。结合你的内容看看

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做人做事要低调,默默践行心中的梦想.
2楼2017-04-12 01:26:30
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416114799

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
雨巷12: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2017-04-27 16:21:47
引用回帖:
9楼: Originally posted by 雨巷12 at 2017-04-12 15:22:53
测序深度会用到“rarefy”和“rarefaction”这两个词吗？测序公司倒是给了稀释曲线，也没有100%的线

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...

就是这个东西，横轴是测序数量，这个你可以问公司的，问他们一个样品测了多少个序列。这个就是100%那个线的依据。此外，你问下你图中三条线分别表示%多少相似性。从你的图来看，测序深度是足够了。你可以把这个图附上，告诉审稿人，你测序保证有20万个序列/样品，这些数据是用什么软件分析的。稀释度曲线只是一个概念，当然就是为了描述测序深度的，没有别的用途。至于OTUs，Chao等是通过软件分析的结果，也会受测序深度的影响，不过跟稀释度之间是没有关系的。
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10楼2017-04-12 18:42:30
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416114799

至尊木虫 (知名作家)
我认为第一个问题是问你：你的数据是通过什么手段进行分析的？rarefy也有精选、挑选的意思，其实就是用软件对你的数据经行统计的过程，即，稀释度分析过程；第二个问题是问你：你数据进行稀释度分析时的极限是多少，这个极限就是100%那个意思，即，测序深度（每个样品测的序列个数，稀释度曲线的X轴）。你回答问题可以谦虚点，最后加句话，说不知道我理解是否正确，还望多多指教（Please let me know if I misunderstand your comments）。
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11楼2017-04-12 18:47:01
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雨巷12

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 416114799 at 2017-04-12 01:26:30
测序里面rarefraction是稀释度的意思，可以用来衡量测序深度的。就是说你的样品测多少条序列，这些序列通过软件，比如R语言或者Mothor等在100-97-95-90-85%等水平有多少个OTUs。比如测了100序列，如果都不一样，对角 ...

非常感谢您的回复，我差不多可以理解，再麻烦问您一下这个 threshold for the rarefaction是从哪里看呢？我问测序公司他们也不清楚，这个是自己设置的数值吗？还是默认的？稀释曲线和多样性指数，如chao指数和Shannon指数有联系吗？
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3楼2017-04-12 12:22:59
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在线侯编辑


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4楼2017-04-12 12:39:15
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雨巷12

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 在线侯编辑 at 2017-04-12 12:39:15

谢谢
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5楼2017-04-12 14:07:48
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416114799

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 雨巷12 at 2017-04-12 12:22:59
非常感谢您的回复，我差不多可以理解，再麻烦问您一下这个 threshold for the rarefaction是从哪里看呢？我问测序公司他们也不清楚，这个是自己设置的数值吗？还是默认的？稀释曲线和多样性指数，如chao指数和Shan ...

我理解会不会就是你的测序深度的意思，我们测序都会有一个测多少个的数值，所谓的阈值。不知道你是否没有画稀释度曲线图？根据图可以看出来的，就是我说的那个100%的线。OTUs跟CHAO等是有关系的，软件计算会自己给出来的。可参考下面文献?Arsenic?and?phosphate?rock impacted the abundance and diversity of bacterial arsenic oxidase and reductase genes in rhizosphere of As-hyperaccumulator?Pteris vittata

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6楼2017-04-12 14:33:29
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416114799

至尊木虫 (知名作家)
此外，你得说你用什么方法进行测序深度分析，比如R语言？还是Mothot

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7楼2017-04-12 14:35:22
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416114799

至尊木虫 (知名作家)
你的分析方法就是他要你回答的第一个问题了

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8楼2017-04-12 14:35:50
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雨巷12

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 416114799 at 2017-04-12 14:33:29
我理解会不会就是你的测序深度的意思，我们测序都会有一个测多少个的数值，所谓的阈值。不知道你是否没有画稀释度曲线图？根据图可以看出来的，就是我说的那个100%的线。OTUs跟CHAO等是有关系的，软件计算会自己给 ...

测序深度会用到“rarefy”和“rarefaction”这两个词吗？测序公司倒是给了稀释曲线，也没有100%的线
基因测序审稿人问题回复求助，急急急！
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9楼2017-04-12 15:22:53
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