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基因测序审稿人问题回复求助，急急急！ 已有1人参与
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| 各位大神，投稿时审稿人提了两个关于基因测序的问题：How did the authors rarefy the data? What is the threshold for the rarefaction?但是我不知道怎么回答，也不知道是从哪方面回答，怎样稀释数据？稀释的阈值？这个rarefy到底是什么意思呢？问测序公司，测序公司也不知道怎么回答，谁能帮忙解决？谢谢。。。感激不尽。。。 |
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【答案】应助回帖
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雨巷12: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2017-04-27 16:21:47
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就是这个东西，横轴是测序数量，这个你可以问公司的，问他们一个样品测了多少个序列。这个就是100%那个线的依据。此外，你问下你图中三条线分别表示%多少相似性。从你的图来看，测序深度是足够了。你可以把这个图附上，告诉审稿人，你测序保证有20万个序列/样品，这些数据是用什么软件分析的。稀释度曲线只是一个概念，当然就是为了描述测序深度的，没有别的用途。至于OTUs，Chao等是通过软件分析的结果，也会受测序深度的影响，不过跟稀释度之间是没有关系的。 |
10楼2017-04-12 18:42:30
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
paperhunter: 金币+3, 鼓励交流 2017-04-27 23:35:15
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测序里面rarefraction是稀释度的意思，可以用来衡量测序深度的。就是说你的样品测多少条序列，这些序列通过软件，比如R语言或者Mothor等在100-97-95-90-85%等水平有多少个OTUs。比如测了100序列，如果都不一样，对角可以画一条线是不是，如果发现70个很不一样，那么就是曲线了，如果发现只有10来个不一样，其他都一样，说明大部分都测到了，多是重复序列。那么曲线就接近跟x轴平行了。这样的线就是rarefraction curves。结合你的内容看看 发自小木虫Android客户端 |
2楼2017-04-12 01:26:30
3楼2017-04-12 12:22:59
4楼2017-04-12 12:39:15
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