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基因测序审稿人问题回复求助，急急急！ 已有1人参与
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| 各位大神，投稿时审稿人提了两个关于基因测序的问题：How did the authors rarefy the data? What is the threshold for the rarefaction?但是我不知道怎么回答，也不知道是从哪方面回答，怎样稀释数据？稀释的阈值？这个rarefy到底是什么意思呢？问测序公司，测序公司也不知道怎么回答，谁能帮忙解决？谢谢。。。感激不尽。。。 |
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【答案】应助回帖
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我理解会不会就是你的测序深度的意思，我们测序都会有一个测多少个的数值，所谓的阈值。不知道你是否没有画稀释度曲线图？根据图可以看出来的，就是我说的那个100%的线。OTUs跟CHAO等是有关系的，软件计算会自己给出来的。可参考下面文献?Arsenic?and?phosphate?rock impacted the abundance and diversity of bacterial arsenic oxidase and reductase genes in rhizosphere of As-hyperaccumulator?Pteris vittata 发自小木虫Android客户端 |
6楼2017-04-12 14:33:29
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【答案】应助回帖
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测序里面rarefraction是稀释度的意思，可以用来衡量测序深度的。就是说你的样品测多少条序列，这些序列通过软件，比如R语言或者Mothor等在100-97-95-90-85%等水平有多少个OTUs。比如测了100序列，如果都不一样，对角可以画一条线是不是，如果发现70个很不一样，那么就是曲线了，如果发现只有10来个不一样，其他都一样，说明大部分都测到了，多是重复序列。那么曲线就接近跟x轴平行了。这样的线就是rarefraction curves。结合你的内容看看 发自小木虫Android客户端 |
2楼2017-04-12 01:26:30
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