应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 学术交流区 » 论文投稿 » 论文写作 » 基因测序审稿人问题回复求助，急急急！
51/1返回列表
查看: 1856  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

雨巷12

新虫 (初入文坛)

[求助] 基因测序审稿人问题回复求助，急急急！ 已有1人参与

各位大神，投稿时审稿人提了两个关于基因测序的问题：How did the authors rarefy the data? What is the threshold for the rarefaction?但是我不知道怎么回答，也不知道是从哪方面回答，怎样稀释数据？稀释的阈值？这个rarefy到底是什么意思呢？问测序公司，测序公司也不知道怎么回答，谁能帮忙解决？谢谢。。。感激不尽。。。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2017-04-11 20:36:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

雨巷12

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 416114799 at 2017-04-12 14:33:29
我理解会不会就是你的测序深度的意思，我们测序都会有一个测多少个的数值，所谓的阈值。不知道你是否没有画稀释度曲线图？根据图可以看出来的，就是我说的那个100%的线。OTUs跟CHAO等是有关系的，软件计算会自己给 ...

测序深度会用到“rarefy”和“rarefaction”这两个词吗？测序公司倒是给了稀释曲线，也没有100%的线
基因测序审稿人问题回复求助，急急急！
84RAT}`KU}36SXK7KI)]817.png
赞一下 回复此楼
9楼2017-04-12 15:22:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 14 个回答

416114799

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
paperhunter: 金币+3, 鼓励交流 2017-04-27 23:35:15
测序里面rarefraction是稀释度的意思，可以用来衡量测序深度的。就是说你的样品测多少条序列，这些序列通过软件，比如R语言或者Mothor等在100-97-95-90-85%等水平有多少个OTUs。比如测了100序列，如果都不一样，对角可以画一条线是不是，如果发现70个很不一样，那么就是曲线了，如果发现只有10来个不一样，其他都一样，说明大部分都测到了，多是重复序列。那么曲线就接近跟x轴平行了。这样的线就是rarefraction curves。结合你的内容看看

发自小木虫Android客户端
赞一下(1人) 回复此楼
做人做事要低调,默默践行心中的梦想.
2楼2017-04-12 01:26:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

雨巷12

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 416114799 at 2017-04-12 01:26:30
测序里面rarefraction是稀释度的意思，可以用来衡量测序深度的。就是说你的样品测多少条序列，这些序列通过软件，比如R语言或者Mothor等在100-97-95-90-85%等水平有多少个OTUs。比如测了100序列，如果都不一样，对角 ...

非常感谢您的回复，我差不多可以理解，再麻烦问您一下这个 threshold for the rarefaction是从哪里看呢？我问测序公司他们也不清楚，这个是自己设置的数值吗？还是默认的？稀释曲线和多样性指数，如chao指数和Shannon指数有联系吗？
赞一下 回复此楼
3楼2017-04-12 12:22:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

在线侯编辑


发自小木虫Android客户端
4楼2017-04-12 12:39:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 14 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 8/400 2026-08-29 17:22 by 4FFAWE8HcgUD
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 10/500 2026-08-29 16:49 by zICmwzsBXjbN
[博后之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 16:31 by 时光旅行者
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 9/450 2026-08-29 14:03 by jCd0dEvKHShX
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 4/200 2026-08-29 14:02 by jCd0dEvKHShX
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 4/200 2026-08-29 13:51 by jCd0dEvKHShX
[找工作] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 11:29 by jCd0dEvKHShX
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗？ +3 349506619 2026-08-28 3/150 2026-08-29 10:49 by 木风9012
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的？ +16 爱看书的可乐 2026-08-26 18/900 2026-08-29 10:18 by winsaint
[基金申请] 系统查不到 +11 董八千 2026-08-26 11/550 2026-08-28 18:06 by Leogzhya
[基金申请] 基金不中，共勉 +11 eulota 2026-08-26 11/550 2026-08-28 14:22 by 火星超人xi
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 哪位高人中了，把查询到的截图贴出来让我看看，让我长长见识 +5 yuleib84 2026-08-26 6/300 2026-08-28 00:02 by yudaoqian88
[基金申请] 申请删除本帖 +6 lyz123lyz 2026-08-27 7/350 2026-08-27 17:31 by 宁静致远sy
[文学芳草园] 梦想 +3 myrtle 2026-08-26 3/150 2026-08-27 10:01 by angelyueyi
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜？ 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 我不理解！ +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +7 process2012 2026-08-23 10/500 2026-08-26 19:23 by hmhminy
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭