the ppap file

我认为那个that修饰的是the PPAP file， with impact to the PPAP file是界定significant ECN/ECR

List here all significant ECN/ECR with impact to the PPAP file that have been issued since initial submission.

整体来看  这是一个复合句， 里面有介词短语做宾补，以及一个that引导的定语从句。下面逐步分析：

1.   "with impact to the PPAP file that have been issued since initial submission"   这一长串 是介词with的介宾短语 作主句宾语ECN/ECR的宾补，用来补充说明。
2. “ that have been issued since initial submission” that引导的定语修饰先行词 PPAP file的。
证据意思就是：请于此处列举所有重要的ECN/ECR以及其对自初次提交就已被发布的PPAP文件的影响。

这样楼主应该清楚了吧，

个人认为那个that修饰的是the PPAP file。

楼主，你的语法确实很烂啊，这几乎是都不怎么复杂的句子啊，用with是因为可能会简练一点，它完全可以被and替代。

定语从句理论上那两个都可以修饰，具体修饰谁应按句子的意思来判断。