DGGE切胶回收测序多个条带是同种菌或所有条带都是同种菌是怎么回事？
各位前辈，得出DGGE图谱后切胶回收测序，用过直接PCR测序，也用过克隆测序，发现多个条带的测序结果都是一种菌。我听说两三个条带是一种菌的现象，但是五六个条带都是同一种，甚至整个图谱分离的条带都是一种菌，实在有些夸张。着急啊~不知到底什么原因。
比如下图中，2、3、4号是同一种（距离比较近，尚且能理解），1、8、12是同一种，6、9、10、11、14是同一种，最后导致整个图里就四五种细菌。
使用的PCR引物是341F-GC/518R，DGGE变性梯度是40-65%，180V，4.5h，测序方法是克隆测序。
还另外做过一组，其他条件一样，测序是直接PCR测序，结果更壮烈，所以条带都是一种菌。
求教求教~
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京公网安备 11010802022153号
一般来说，不同位置的条带比对到同一最近邻居也是很正常的。话说楼主的这些条带与最近邻居的序列同源性都一样吗？建议楼主直接比对下这些条带的序列。
谢谢你的回复。
我有点不太明白你说的“与最近邻居的序列同源性”这个应该怎么看
，
同源性就是序列相似性
你切胶以后有没有再纯化？纯化到一条只有一个条带？不然会有杂菌的。
谢谢你的回复。你是指重新DGGE纯化吗？
另外，我连接T载体测序，就算有杂菌污染，挑出很多个克隆子去测序，结果也不该一样呀。
撸主呆呀，要切胶测序也只能使用341 907这种长片段引物的DGGE呀
341与518只有180bp的扩增片段，包含信息太少，而且现在genebank已经不接受小于200bp的基因序列提交了。
当然，341与907的DGGE扩增操作很难，不像338 518那么一做就成。
解决问题了吗？我最近做的也是，相近的条带都是一种菌。。。烦躁死啦。。。