想做细菌16rsDNA和真菌18rsDNA的DGGE,16srDNA V3区PCR是怎么回事?
最近开始做不同施肥对土壤细菌、真菌多样性的影响,由于是新手,想请教各位大牛几个问题:看到有些做DGGE是PCR了两次,第一次是16srDNAPCR,第二次是V3区PCR,想问一下为什么要P两次呢?有的文献只写了16srDNA PCR后就去跑DGGE了,V3区PCR是否有必要?18srDNA做DGGE是否需要再做某个区的PCR吗?请大牛们指教,不胜感激! 返回小木虫查看更多
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最近开始做不同施肥对土壤细菌、真菌多样性的影响,由于是新手,想请教各位大牛几个问题:看到有些做DGGE是PCR了两次,第一次是16srDNAPCR,第二次是V3区PCR,想问一下为什么要P两次呢?有的文献只写了16srDNA PCR后就去跑DGGE了,V3区PCR是否有必要?18srDNA做DGGE是否需要再做某个区的PCR吗?请大牛们指教,不胜感激! 返回小木虫查看更多
那18srDNA做DGGE需要用某个区的引物扩增吗?
DGGE一般跑的条带是500bp左右的,16S的全长是1.5K左右,所以不可能把整个16S拿去跑DGGE的。有的时候,为增加PCR的成功率,会先扩增16S全长,再特定扩增某个区域,毕竟DGGE的引物往往是要加GC-clamp的。你说的只写了16srDNA也应该是某个区域,而不是全长,你可以再看一下。18S也是同理的。
就是这样
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