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liu123t

金虫 (初入文坛)

[求助] 对植物内生真菌进行鉴定，构建系统发育树时自己的序列被独立在外面已有1人参与

想对一株分离出的植物内生真菌进行鉴定，使用ITS1和ITS4引物扩增rDNA，送公司测序后对测序结果在NCBI上进行BLAST比对，直接选择一致性最高的50个序列进行序列比对分析构建系统发育树，结果发现在做出的树中自己的基因序列总是被独立在外面，作为一个外类群出现，这是什么原因？
附图：BLAST结果和构建出的系统进化树

对植物内生真菌进行鉴定，构建系统发育树时自己的序列被独立在外面
BLAST结果


对植物内生真菌进行鉴定，构建系统发育树时自己的序列被独立在外面-1
系统进化树
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1楼2019-11-29 01:20:07
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皮皮虾111

新虫 (小有名气)
我也是，我的是细菌16s rRNA在ncbi上BLAST后下载得分最高的十多条序列比对后建树，情况和你一样，也在找原因

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2楼2019-11-29 09:59:50
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王屋2222

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
7楼2019-12-05 23:04:57
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apathy2019

新虫 (小有名气)
你们的菌序列反了，在MEGA里互补一下重新建就好了

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8楼2020-04-09 23:50:29
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liu123t

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 皮皮虾111 at 2019-11-29 09:59:50
我也是，我的是细菌16s rRNA在ncbi上BLAST后下载得分最高的十多条序列比对后建树，情况和你一样，也在找原因

恩，我也在想这个，有进展了麻烦分享一下啊~
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3楼2019-11-29 15:25:44
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liu123t

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 王屋2222 at 2019-12-05 14:08:42
找你鉴定的菌株的模式菌株，找一些不同属的、种的来建立进化树

因为不知道所要鉴定的菌株是什么属的菌，所以没法找到该菌的模式菌株……
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6楼2019-12-05 19:45:56
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Zzz睡觉

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by Herrix at 2020-07-15 10:47:13
我想问一下怎么互补怎么操作的
...

使用mega打开序列，右键，reverse complement即可
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10楼2020-07-17 14:52:50
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普通回帖

liu123t

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 皮皮虾111 at 2019-11-29 09:59:50
我也是，我的是细菌16s rRNA在ncbi上BLAST后下载得分最高的十多条序列比对后建树，情况和你一样，也在找原因

http://muchong.com/t-13646868-1
这个帖子也是关于这个问题的，你可以看一下
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4楼2019-12-01 14:48:29
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王屋2222

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
5楼2019-12-05 14:08:42
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Herrix

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by apathy2019 at 2020-04-09 23:50:29
你们的菌序列反了，在MEGA里互补一下重新建就好了

我想问一下怎么互补怎么操作的

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9楼2020-07-15 10:47:13
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