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求助：如何去研究一个蛋白？

作者 piaoyidetian: 来源: 小木虫 200 4 举报帖子

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我现在找到一个蛋白，我如何从基因的水平去研究？除了基因水平，我还可以从哪些角度去研究它再植物发育调控中的功能？恳求指导

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starseacow

首先，查各个数据库，看关于这个蛋白都有什么报道，已知哪些信息，再看在其他植物中有没有类似蛋白得到研究，基于这些信息计划实验。当然最简单的，过表达或敲除，看看对植物生长有什么影响。
piaoyidetian

引用回帖:
2楼: Originally posted by starseacow at 2012-12-05 22:08:07
首先，查各个数据库，看关于这个蛋白都有什么报道，已知哪些信息，再看在其他植物中有没有类似蛋白得到研究，基于这些信息计划实验。当然最简单的，过表达或敲除，看看对植物生长有什么影响。

我要研究的是番茄。
我在一篇文献中找到小麦中编码这个蛋白的基因序列，然后去番茄数据库比对，找到了番茄中的这个基因家族。可是，这个家族的基因的同源性特别高，如果我只是去上调或下调其中一个基因的表达有意义吗？
针对这种情况有什么好的解决方法吗
，
starseacow

引用回帖:
3楼: Originally posted by piaoyidetian at 2012-12-06 10:38:17
我要研究的是番茄。
我在一篇文献中找到小麦中编码这个蛋白的基因序列，然后去番茄数据库比对，找到了番茄中的这个基因家族。可是，这个家族的基因的同源性特别高，如果我只是去上调或下调其中一个基因的表达有意 ...

看看小麦中都有哪些研究，如果实在没有任何可供参考的信息，那就只能敲除看看了。拟南芥中没有这个基因么？拟南芥中有的话，直接找点T-DNA突变株，种种看呗
starseacow

关于研究新基因的思路，大概可以参考这个
1 查数据库，一方面找有没有相关工作提供一些可供分析的信息，另一方面比对序列信息，看看在不同物种间是否该蛋白具有某些保守区段，并且在别的物种中是否有一些功能已被确定
2 做突变和过表达株系，设法根据查到的信息找到表现型，确定功能，如果这个基因表达的蛋白参与某些重要的信号途径最好，这样进一步工作比较好开展，深入点探究该基因有哪些调控作用，它表达的蛋白与哪些其他蛋白有相互作用等等。
3 可以用GUS研究一下在不同植物组织和植物生长阶段的表达情况，同时可以连个GFP在表达该蛋白的细胞内看看具体表达位置

对于一个新基因，如果上面几个工作都比较完整可信的做出来，同时在功能上也有一些确认，文章再写的好点，好文章可期