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amber 能量优化出错

作者 903566945: 来源: 小木虫 400 8 举报帖子

我用AMBER 运行能量优化，设置的是maxcyc=1000,ncyc=500出错了，到了500步就出现了RESTARTED DUE TO LINMIN FAILURE，同时我又试了只算共轭梯度法，xmin法等，不管maxcyc,ncyc设大设小，都不能算到最后一步，这是怎么回事呢，我可不可以忽略这个问题，直接进行下一步模拟呢？返回小木虫查看更多

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精华评论

lujunyan1118

最好不要忽略，这种错误可能预示着你结构存在问题

共轭梯队对结构要求更高，如果结构不合理，从最陡下降一到共轭梯度就会出左。

注意amber输出里面的各个能量项，看看有没有异常的值比如特别高的，或者有×××××的
903566945

引用回帖:
2楼: Originally posted by lujunyan1118 at 2012-08-20 12:33:09
最好不要忽略，这种错误可能预示着你结构存在问题

共轭梯队对结构要求更高，如果结构不合理，从最陡下降一到共轭梯度就会出左。

注意amber输出里面的各个能量项，看看有没有异常的值比如特别高的，或者有×× ...

请教一下，出现了***怎么办呢？
lujunyan1118

引用回帖:
3楼: Originally posted by 903566945 at 2012-08-27 09:00:09
请教一下，出现了***怎么办呢？...

出现了×××多半（或者说几乎肯定）是由结构不合理。
你看看出现×××后面的那个原子去看看结构就行了
201021150040

请问下楼主问题解决了吗？怎么解决的呢？我也出现了这样的问题，但是检查结构貌似没有出错····
yaozhq

Some of the output files(the 'mdout' in the manual) contain the message like:
.... RESTARTED DUE TO LINMIN FAILURE ...
the input is like:
&cntrl
imin=1, maxcyc=10000, ncyc=100, idiel=0, cut=30.0, scee=1.2,
&end
But if I change the input into:
&cntrl
imin=1, maxcyc=10000, ncyc=1000, idiel=0, cut=30.0, scee=1.2,
&end
there will be no "LINMIN FAILURE" message. The difference between two input file is only ncyc(from 100 to 1000). Both trials gave normal "FINAL RESULTS" Does it matter, if the mdout contains it? If so, how to correct it?

你给的步数太少了根本到不了收敛条件自然就停下来了不知道你的体系多大建议你放大10倍步长，
百步穿杨999

引用回帖:
4楼: Originally posted by lujunyan1118 at 2012-08-31 22:23:38
出现了×××多半（或者说几乎肯定）是由结构不合理。
你看看出现×××后面的那个原子去看看结构就行了...

大神？能不能说的再详细点。
therotyonth

这个，貌似没有说解决办法呀！我现在也遇到了这样的问题了！