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大家做生物体蛋白质模拟，结果对温度敏感么？

作者 scnlong: 来源: 小木虫 450 9 举报帖子

如题，大家模拟做一些如生物体酶催化的时候，改变温度会对结果有多大的影响？

假如说人体内的某一种蛋白酶，从273+37K变到273+42K蛋白酶本身会跑坍塌么？这种坍塌能否复原？

又如从273+37往低温变，然后升回来还能否恢复到原来的结构？返回小木虫查看更多

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精华评论

wally8962

你想想蛋白质折叠多困难就知道了，这种构型改变的模拟是非常困难的
zh1987hs

如果温度差异到一定程度，才有可能通过分子动力学模拟看出构象的改变，就我看过的文献，基本差异要到100K到200k左右才能看出结构的变化
scnlong

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2楼: Originally posted by wally8962 at 2012-07-18 17:27:33
你想想蛋白质折叠多困难就知道了，这种构型改变的模拟是非常困难的

我的理解是，人体内的一些酶蛋白，在体温上升很小的情况下就会失活，动力学模拟能否做出来。比如模拟温度上升五度，会有一定比例的酶变性。
scnlong

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3楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-07-18 17:53:28
如果温度差异到一定程度，才有可能通过分子动力学模拟看出构象的改变，就我看过的文献，基本差异要到100K到200k左右才能看出结构的变化

一两百K这个范围太大了。。。一般人体温度上升五度就完蛋了。。。。。能模拟这小温度变化产生的一定比例的蛋白酶变性么，我比较疑惑
，
zh1987hs

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5楼: Originally posted by scnlong at 2012-07-18 19:10:51
一两百K这个范围太大了。。。一般人体温度上升五度就完蛋了。。。。。能模拟这小温度变化产生的一定比例的蛋白酶变性么，我比较疑惑。...

我觉得非常难~因为模拟本身就不能完全的重现实验现象~
zmz148002989

温度变化是可以跑出来的，但是需要跑的时间步长非常长才能体现出规律性的差别。对于一般的几十个ns的模拟，温度的差别基本上看不出来。如果非要去探索温度的敏感性，可以用其他的方法，如检测环境极性等来研究
fmtzhangli

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4楼: Originally posted by scnlong at 2012-07-18 19:09:37
我的理解是，人体内的一些酶蛋白，在体温上升很小的情况下就会失活，动力学模拟能否做出来。比如模拟温度上升五度，会有一定比例的酶变性。...

蛋白质变性需要的时间太长了