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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 大家做生物体蛋白质模拟，结果对温度敏感么？
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scnlong

木虫 (小有名气)

[交流] 大家做生物体蛋白质模拟，结果对温度敏感么？ 已有4人参与

如题，大家模拟做一些如生物体酶催化的时候，改变温度会对结果有多大的影响？

假如说人体内的某一种蛋白酶，从273+37K变到273+42K蛋白酶本身会跑坍塌么？这种坍塌能否复原？

又如从273+37往低温变，然后升回来还能否恢复到原来的结构？
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1楼 2012-07-18 13:28:14
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★
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zh1987hs: 金币+1, 有理 2012-07-18 17:52:17
你想想蛋白质折叠多困难就知道了，这种构型改变的模拟是非常困难的
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2楼2012-07-18 17:27:33
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★
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jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-07-18 20:52:34
如果温度差异到一定程度，才有可能通过分子动力学模拟看出构象的改变，就我看过的文献，基本差异要到100K到200k左右才能看出结构的变化
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3楼2012-07-18 17:53:28
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scnlong

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wally8962 at 2012-07-18 17:27:33
你想想蛋白质折叠多困难就知道了，这种构型改变的模拟是非常困难的

我的理解是，人体内的一些酶蛋白，在体温上升很小的情况下就会失活，动力学模拟能否做出来。比如模拟温度上升五度，会有一定比例的酶变性。
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4楼2012-07-18 19:09:37
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scnlong

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-07-18 17:53:28
如果温度差异到一定程度，才有可能通过分子动力学模拟看出构象的改变，就我看过的文献，基本差异要到100K到200k左右才能看出结构的变化

一两百K这个范围太大了。。。   一般人体温度上升五度就完蛋了。。。。。    能模拟这小温度变化产生的一定比例的蛋白酶变性么，我比较疑惑。
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5楼2012-07-18 19:10:51
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
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jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2012-07-18 20:52:58
引用回帖:
5楼: Originally posted by scnlong at 2012-07-18 19:10:51
一两百K这个范围太大了。。。   一般人体温度上升五度就完蛋了。。。。。    能模拟这小温度变化产生的一定比例的蛋白酶变性么，我比较疑惑。...

我觉得非常难~因为模拟本身就不能完全的重现实验现象~
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6楼2012-07-18 19:40:42
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zmz148002989

新虫 (初入文坛)
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jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-07-18 20:53:08
温度变化是可以跑出来的，但是需要跑的时间步长非常长才能体现出规律性的差别。 对于一般的几十个ns的模拟，温度的差别基本上看不出来。如果非要去探索温度的敏感性，可以用其他的方法，如检测环境极性等来研究
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7楼2012-07-18 20:46:08
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fmtzhangli

金虫 (小有名气)
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御剑江湖: 金币+1, 谢谢 2012-07-18 22:34:23
引用回帖:
4楼: Originally posted by scnlong at 2012-07-18 19:09:37
我的理解是，人体内的一些酶蛋白，在体温上升很小的情况下就会失活，动力学模拟能否做出来。比如模拟温度上升五度，会有一定比例的酶变性。...

蛋白质变性需要的时间太长了
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8楼2012-07-18 21:32:41
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scnlong

木虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by zmz148002989 at 2012-07-18 20:46:08
温度变化是可以跑出来的，但是需要跑的时间步长非常长才能体现出规律性的差别。 对于一般的几十个ns的模拟，温度的差别基本上看不出来。如果非要去探索温度的敏感性，可以用其他的方法，如检测环境极性等来研究

Got it, thx.  

还是模拟的时间太短了。就算研究，肯定也不该用一般的跑动力学的方法。
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9楼2012-07-19 09:21:42
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scnlong

木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by fmtzhangli at 2012-07-18 21:32:41
蛋白质变性需要的时间太长了...

是啊，谢谢。  相对于研究反应的时间尺度，变性时间太长了。
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10楼2012-07-19 09:22:27
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