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scnlong

木虫 (小有名气)

[交流] 大家做生物体蛋白质模拟,结果对温度敏感么? 已有4人参与

如题,大家模拟做一些如生物体酶催化的时候,改变温度会对结果有多大的影响?

假如说人体内的某一种蛋白酶,从273+37K变到273+42K蛋白酶本身会跑坍塌么?这种坍塌能否复原?

又如从273+37往低温变,然后升回来还能否恢复到原来的结构?
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scnlong

木虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by zmz148002989 at 2012-07-18 20:46:08
温度变化是可以跑出来的,但是需要跑的时间步长非常长才能体现出规律性的差别。 对于一般的几十个ns的模拟,温度的差别基本上看不出来。如果非要去探索温度的敏感性,可以用其他的方法,如检测环境极性等来研究

Got it, thx.  

还是模拟的时间太短了。就算研究,肯定也不该用一般的跑动力学的方法。
9楼2012-07-19 09:21:42
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wally8962

木虫 (著名写手)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
zh1987hs: 金币+1, 有理 2012-07-18 17:52:17
你想想蛋白质折叠多困难就知道了,这种构型改变的模拟是非常困难的
2楼2012-07-18 17:27:33
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-07-18 20:52:34
如果温度差异到一定程度,才有可能通过分子动力学模拟看出构象的改变,就我看过的文献,基本差异要到100K到200k左右才能看出结构的变化
3楼2012-07-18 17:53:28
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scnlong

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wally8962 at 2012-07-18 17:27:33
你想想蛋白质折叠多困难就知道了,这种构型改变的模拟是非常困难的

我的理解是,人体内的一些酶蛋白,在体温上升很小的情况下就会失活,动力学模拟能否做出来。比如模拟温度上升五度,会有一定比例的酶变性。
4楼2012-07-18 19:09:37
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