应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 大家做生物体蛋白质模拟，结果对温度敏感么？
101/1返回列表
查看: 2086  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

scnlong

木虫 (小有名气)

[交流] 大家做生物体蛋白质模拟，结果对温度敏感么？ 已有4人参与

如题，大家模拟做一些如生物体酶催化的时候，改变温度会对结果有多大的影响？

假如说人体内的某一种蛋白酶，从273+37K变到273+42K蛋白酶本身会跑坍塌么？这种坍塌能否复原？

又如从273+37往低温变，然后升回来还能否恢复到原来的结构？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-07-18 13:28:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
zh1987hs: 金币+1, 有理 2012-07-18 17:52:17
你想想蛋白质折叠多困难就知道了，这种构型改变的模拟是非常困难的
赞一下 回复此楼
2楼2012-07-18 17:27:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-07-18 20:52:34
如果温度差异到一定程度，才有可能通过分子动力学模拟看出构象的改变，就我看过的文献，基本差异要到100K到200k左右才能看出结构的变化
赞一下 回复此楼
3楼2012-07-18 17:53:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

scnlong

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wally8962 at 2012-07-18 17:27:33
你想想蛋白质折叠多困难就知道了，这种构型改变的模拟是非常困难的

我的理解是，人体内的一些酶蛋白，在体温上升很小的情况下就会失活，动力学模拟能否做出来。比如模拟温度上升五度，会有一定比例的酶变性。
赞一下 回复此楼
4楼2012-07-18 19:09:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

scnlong

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-07-18 17:53:28
如果温度差异到一定程度，才有可能通过分子动力学模拟看出构象的改变，就我看过的文献，基本差异要到100K到200k左右才能看出结构的变化

一两百K这个范围太大了。。。   一般人体温度上升五度就完蛋了。。。。。    能模拟这小温度变化产生的一定比例的蛋白酶变性么，我比较疑惑。
赞一下 回复此楼
5楼2012-07-18 19:10:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2012-07-18 20:52:58
引用回帖:
5楼: Originally posted by scnlong at 2012-07-18 19:10:51
一两百K这个范围太大了。。。   一般人体温度上升五度就完蛋了。。。。。    能模拟这小温度变化产生的一定比例的蛋白酶变性么，我比较疑惑。...

我觉得非常难~因为模拟本身就不能完全的重现实验现象~
赞一下 回复此楼
6楼2012-07-18 19:40:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zmz148002989

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-07-18 20:53:08
温度变化是可以跑出来的，但是需要跑的时间步长非常长才能体现出规律性的差别。 对于一般的几十个ns的模拟，温度的差别基本上看不出来。如果非要去探索温度的敏感性，可以用其他的方法，如检测环境极性等来研究
赞一下 回复此楼
7楼2012-07-18 20:46:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fmtzhangli

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
御剑江湖: 金币+1, 谢谢 2012-07-18 22:34:23
引用回帖:
4楼: Originally posted by scnlong at 2012-07-18 19:09:37
我的理解是，人体内的一些酶蛋白，在体温上升很小的情况下就会失活，动力学模拟能否做出来。比如模拟温度上升五度，会有一定比例的酶变性。...

蛋白质变性需要的时间太长了
赞一下 回复此楼
8楼2012-07-18 21:32:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

scnlong

木虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by zmz148002989 at 2012-07-18 20:46:08
温度变化是可以跑出来的，但是需要跑的时间步长非常长才能体现出规律性的差别。 对于一般的几十个ns的模拟，温度的差别基本上看不出来。如果非要去探索温度的敏感性，可以用其他的方法，如检测环境极性等来研究

Got it, thx.  

还是模拟的时间太短了。就算研究，肯定也不该用一般的跑动力学的方法。
赞一下 回复此楼
9楼2012-07-19 09:21:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

scnlong

木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by fmtzhangli at 2012-07-18 21:32:41
蛋白质变性需要的时间太长了...

是啊，谢谢。  相对于研究反应的时间尺度，变性时间太长了。
赞一下 回复此楼
10楼2012-07-19 09:22:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 scnlong 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 289求调剂 +6 步川酷紫123 2026-03-11 6/300 2026-03-17 10:23 by Sammy2
[考研] 08工科 320总分 求调剂 +3 梨花珞晚风 2026-03-17 3/150 2026-03-17 09:04 by 晗晗调剂上岸
[考研] 一志愿，福州大学材料专硕339分求调剂 +3 木子momo青争 2026-03-15 3/150 2026-03-17 07:52 by laoshidan
[考研] 化学工程321分求调剂 +10 大米饭！ 2026-03-15 13/650 2026-03-17 06:57 by laoshidan
[基金申请] 国自科面上基金字体 +6 iwuli 2026-03-12 7/350 2026-03-16 21:18 by sculhf
[考研] 085601求调剂 +3 Du.11 2026-03-16 3/150 2026-03-16 20:42 by 无际的草原
[文学芳草园] 伙伴们，祝我生日快乐吧 +17 myrtle 2026-03-10 26/1300 2026-03-16 18:32 by 青橙Ln
[考研] 290求调剂 +5 孔志浩 2026-03-12 10/500 2026-03-16 09:01 by 余晖&
[考研] 328求调剂 +3 5201314Lsy！ 2026-03-13 6/300 2026-03-14 15:31 by hyswxzs
[考研] 【0703化学调剂】-一志愿华中师范大学-六级475 +5 Becho359 2026-03-11 5/250 2026-03-14 11:35 by 哦哦123
[考研] 327求调剂 +4 Ffff03 2026-03-10 4/200 2026-03-14 00:17 by JourneyLucky
[考研] 复试调剂 +9 Copy267 2026-03-10 9/450 2026-03-13 23:45 by userper
[考研] 285 求调剂 资源与环境 一志愿北京化工大学 +3 未名考生 2026-03-10 3/150 2026-03-13 23:04 by JourneyLucky
[考研] 求材料调剂 085600英一数二总分302 前三科235 精通机器学习 一志愿哈工大 +4 林yaxin 2026-03-12 4/200 2026-03-13 22:04 by 星空星月
[考研] 281求调剂 +9 Koxui 2026-03-12 11/550 2026-03-13 20:50 by Koxui
[考研] 311求调剂 +3 冬十三 2026-03-13 3/150 2026-03-13 20:41 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工085600调剂求老师收留 +9 jiaanl 2026-03-11 9/450 2026-03-13 20:22 by JourneyLucky
[考研] 301求调剂 +6 Liyouyumairs 2026-03-11 6/300 2026-03-13 20:11 by JourneyLucky
[考研] 333求调剂 +3 152697 2026-03-12 4/200 2026-03-13 07:08 by Iveryant
[考研] 298求调剂 +3 Vv呀！ 2026-03-10 3/150 2026-03-10 22:40 by 剑诗杜康
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭