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【调剂】北京石油化工学院2024年16个专业接受调剂
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kieael

新虫 (初入文坛)

[交流] autodock vina对接,氢键和疏水基团比较多的结合物打分却比那些少的结合物打分要低?已有3人参与

如图,第一个化合物打分最好的一个为 -7.1,第二个化合物打分最好的一个只有 -5.6,但是明显感觉第二个结合得比第一个要好,是怎么回事呢?

autodock vina对接,氢键和疏水基团比较多的结合物打分却比那些少的结合物打分要低?
DNMT1-triclosan-2D.png


autodock vina对接,氢键和疏水基团比较多的结合物打分却比那些少的结合物打分要低?-1
DNMT1-4-chlorocatechol-2D.png
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hclwonder

新虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
一,打分不一定准。二,看起来相互作用多的不一定结合能好。

发自小木虫Android客户端
2楼2018-03-22 19:27:26
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kieael

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by hclwonder at 2018-03-22 19:27:26
一,打分不一定准。二,看起来相互作用多的不一定结合能好。

相互作用多不应该就表示作用强烈,那这样结合得不应该就更牢固吗
3楼2018-03-22 23:11:42
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小米嘉

木虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
两个配体分子结构不同,无法一起比较吧。

发自小木虫Android客户端
……
4楼2018-03-23 07:31:45
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hclwonder

新虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by kieael at 2018-03-22 23:11:42
相互作用多不应该就表示作用强烈,那这样结合得不应该就更牢固吗...

看得见的相互作用固然重要,看不见的相互作用有时也不容忽视。
同样是氢键,也有强弱之分。
除了加分的相互作用,还可能有减分的penalty,这个adt也是不会给你显示出来的。

发自小木虫Android客户端
5楼2018-03-23 09:44:23
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拼命幸福寂静

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
请问一下 这个图是怎么做出来的呀

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6楼2022-03-28 22:18:45
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