我用gromacs中的gromacs96 力场，PRODRG在线生成拓扑文件，小分子的电荷错误，用什么方法可以的得到解决？ 返回小木虫查看更多
同学，我现在遇到你当年的问题，请问下怎么解决呢，十分感激（我用gromacs中的gromacs96 力场，PRODRG在线生成拓扑文件，小分子的电荷错误，用什么方法可以的得到解决？）
分子力场的电荷怎样得到要看想应力场的原始文献，然后依据文献的方法计算得到，这样会保证力场参数的一致性。但实际上力场电荷的具体值并不如分子上电荷分布那样重要。目前对于小分子来说，比较被接受的办法是用量化计算esp电荷（我们的经验是计算时要加入PCM模型，会更准确），直接将esp电荷放到原子上就可以了。
返回小木虫查看更多
京公网安备 11010802022153号
同学，我现在遇到你当年的问题，请问下怎么解决呢，十分感激（我用gromacs中的gromacs96 力场，PRODRG在线生成拓扑文件，小分子的电荷错误，用什么方法可以的得到解决？）
我没再继续做，有人告诉我用这个生成top文件，你试试吧http://compbio.biosci.uq.edu.au/atb/
，
谢谢哈 我还想请问您下gromacs模拟我要其他有机溶剂模型，您会吗
我不会
分子力场的电荷怎样得到要看想应力场的原始文献，然后依据文献的方法计算得到，这样会保证力场参数的一致性。但实际上力场电荷的具体值并不如分子上电荷分布那样重要。目前对于小分子来说，比较被接受的办法是用量化计算esp电荷（我们的经验是计算时要加入PCM模型，会更准确），直接将esp电荷放到原子上就可以了。