你的扩散系数模拟MSD 曲线是取得哪一段做为斜率？不同位置，数据不一样，单位换算肯定是要换算的，过程不麻烦。而且你的扩散系数与手册有差别也是正常的，你的计算设置也影响结果的，你做的是什么系综？

保证单位统一以后再计算

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2楼: Originally posted by 水晶蚂蚁 at 2012-07-11 08:33:58
你的扩散系数模拟MSD 曲线是取得哪一段做为斜率？不同位置，数据不一样，单位换算肯定是要换算的，过程不麻烦。而且你的扩散系数与手册有差别也是正常的，你的计算设置也影响结果的，你做的是什么系综？

感谢回复呢，我先用了NPT，后来是NVE各跑了100000，MSD曲线我是取了拖尾前的那段近似直线的部分计算斜率。另外还用matlab将数据拟合了一条，这个单位换算是10^(-4)对吧。
我模拟的是298K，1atm时的情况，我建晶胞以及以后的系综时，温度都写得是298K。密度我写的是其中一种分子在298K时的密度，这样设置有什么问题么？该怎么改呢？谢谢啦
，

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3楼: Originally posted by chaizhm at 2012-07-11 08:47:36
保证单位统一以后再计算

谢谢您的回复，我单位换算了呀，10^(-4)对吧？

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4楼: Originally posted by yaneehan2010 at 2012-07-11 10:27:55
感谢回复呢，我先用了NPT，后来是NVE各跑了100000，MSD曲线我是取了拖尾前的那段近似直线的部分计算斜率。另外还用matlab将数据拟合了一条，这个单位换算是10^(-4)对吧。
我模拟的是298K，1atm时的情况，我建晶胞 ...

单位换算关系是对的，你的set up 设置中T和B 是如何设置的，运算了100000步么？那么你步长是多少，运算时间除以步长再乘以1000是步数，而且你跑完动力学，你选取的近似直线部分是多长时间内，建议中间段不同时间多取几次，然后对得到的斜率取平均值。希望对楼主有所帮助。

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6楼: Originally posted by 水晶蚂蚁 at 2012-07-11 15:59:09
单位换算关系是对的，你的set up 设置中T和B 是如何设置的，运算了100000步么？那么你步长是多少，运算时间除以步长再乘以1000是步数，而且你跑完动力学，你选取的近似直线部分是多长时间内，建议中间段不同时间多 ...

哪里的set up？
我的time step:1.0fs,Dynamics time:100ps,number of steps:100000.
我是直接把那段时间的都算了、、

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7楼: Originally posted by yaneehan2010 at 2012-07-11 17:22:48
哪里的set up？
我的time step:1.0fs,Dynamics time:100ps,number of steps:100000.
我是直接把那段时间的都算了、、...

麻烦问一下楼主，你说的扩散系数的手册名字是什么啊？我一直在寻找。。。还请指点。。。万分感谢！