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vmd-做径向分布函数

各位大牛，知道怎么用vmd做hcp结构的对关联函数吗？我按照默认的基矢建立unit，就没法计算rdf，如果把角度设置成90,90,90可以计算但是出来没有东西啊?我想知道这个vmd计算rdf必须是要正交坐标系吗？那我把hcp单胞的体积算出来，转换成正交的，为什么算不出东西呢？返回小木虫查看更多

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小蜗牛8728

vmd可以算么？
我知道ambertools的ptraj工具可以处理，很方便。前提是你的trajectory文件符合它要求的格式。
如果不行的话，自己写一个程序算rdf也还是很方便的。
issp-hao

可以参考分子动力学模拟艺术上的程序（art of .........)，自己改改也能算出来
zhang_jaj

引用回帖:
2楼: Originally posted by 小蜗牛8728 at 2012-07-11 00:34:10
vmd可以算么？
我知道ambertools的ptraj工具可以处理，很方便。前提是你的trajectory文件符合它要求的格式。
如果不行的话，自己写一个程序算rdf也还是很方便的。

谢谢啊，vmd的可以算，ms的两个模块也可以算。就是vmd的好像只能算正交坐标的
，
zhang_jaj

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3楼: Originally posted by issp-hao at 2012-07-11 08:36:28
可以参考分子动力学模拟艺术上的程序（art of .........)，自己改改也能算出来

其实就是懒得自己去改或者编程序，感觉实在没精力整
小龙也123

引用回帖:
2楼: Originally posted by 小蜗牛8728 at 2012-07-11 00:34:10
vmd可以算么？
我知道ambertools的ptraj工具可以处理，很方便。前提是你的trajectory文件符合它要求的格式。
如果不行的话，自己写一个程序算rdf也还是很方便的。

请教如何写程序能给个例子么谢谢