Platon和mercury描述氢键遇到的问题
用Platon计算时发现存在4个分子间氢键如下
D--H...A D-H H...A D...A D-H.....A
1 N6-- H6N.. O1 0.902(17) 1.955(17) 2.7675(16) 149.1(14)
2 N6-- H6N.. N1 0.902(17) 2.473(16) 3.1359(18) 130.6(13)
3 C3-- H3A.. O1 0.9800 2.4900 3.459(2) 169.00
4 C7-- H7C.. O3 0.9800 2.5700 3.505(2) 159.00
但是在mercury中却只发现N6-- H6N...O1和两个分子内氢键，没有2，3，4氢键，而且显示存在分子内氢键所连接的两个原子为N和O(都不带氢原子)，可能是氢键么？到底应该存在几个氢键的？大家都是如何确定氢键的?
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京公网安备 11010802022153号
3、4的氢键直接去掉，应该没什么意义
哦，再次感谢
3,4是很明显的氢键, 值得讨论.
当然, 如果你的结构有其他的特色了, 忽略之也可以.
alert A是啥? 贴出来.
PLAT726 Type_2 Test for consistency of H-Bond H..A Distances and Coordinates in CIF
--------------------------------------------------------------------------------
Same as 706 but for distance without s.u. (esd). Differences are tested in
terms of Angstrom.
PLAT728 Type_1 Test for consistency of H-Bond D-H..A Angles and Coordinates in CIF
--------------------------------------------------------------------------------
Same as 708 but for angle without s.u. (esd). Differences are tested in
terms of Degrees.
请用.ins 运用shelx中的XL来计算这些氢键.
还有一个问题，根据您那个帖子的方法，在XP中打开.ins，fmol后
arad 0.2 2 2 C3
envi C3
找不到distance是3.459的原子
那么C3-- H3A .. O1 的symmetry code应该如何确定啊？
XL计算后只有1和2了，氢键3和4不显示了
是不是说明3和4不是氢键啊？搞得头晕了
Hydrogen bonds with H..A < r(A) + 2.000 Angstroms and <DHA > 110 deg.
D-H d(D-H) d(H..A) <DHA d(D..A) A
N6-H6N 0.902 1.955 149.06 2.767 O1 [ x, -y+3/2, z+1/2 ]
N6-H6N 0.902 2.473 130.61 3.136 N1 [ x, -y+3/2, z+1/2 ]
[ Last edited by xiami9717 on 2009-7-2 at 11:26 ]
，
这个距离如果没有特殊意义就不要讨论了
在在XP中打开.ins，fmol后
envi 2 c3
symm
会显示所有键连原子和对称操作
不过还是认为这个氢键没意义