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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 文献解析 » Platon和mercury描述氢键遇到的问题
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xiami9717

木虫 (小有名气)

[交流] Platon和mercury描述氢键遇到的问题

用Platon计算时发现存在4个分子间氢键如下
       D--H...A                 D-H             H...A        D...A           D-H.....A
1   N6-- H6N.. O1       0.902(17)  1.955(17) 2.7675(16)  149.1(14)   
2   N6-- H6N.. N1       0.902(17)  2.473(16) 3.1359(18)  130.6(13)   
3   C3-- H3A.. O1          0.9800     2.4900    3.459(2)       169.00   
4   C7-- H7C.. O3          0.9800     2.5700    3.505(2)       159.00  

但是在mercury中却只发现N6-- H6N...O1和两个分子内氢键，没有2，3，4氢键，而且显示存在分子内氢键所连接的两个原子为N和O(都不带氢原子)，可能是氢键么？到底应该存在几个氢键的？大家都是如何确定氢键的?
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1楼 2009-07-02 10:02:58
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腾龙云飞

金虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
xiami9717(金币+5,VIP+0): 7-2 10:23
2、3、4的距离太长了，3、4不属于经典氢键，2在mercury中不显示是因为稍长了点，还可以算氢键
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但行好事 莫问前程 _______ 渤海之滨 黄河之津 书生侠骨 义薄惊云
2楼2009-07-02 10:06:18
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xifengjin

金虫 (正式写手)
★
xiami9717(金币+1,VIP+0): 7-2 10:25
引用回帖:
Originally posted by 腾龙云飞 at 2009-7-2 10:06:
2、3、4的距离太长了，3、4不属于经典氢键，2在mercury中不显示是因为稍长了点，还可以算氢键

宾果
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3楼2009-07-02 10:13:55
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
xiami9717(金币+2,VIP+0): 7-2 10:24
请用platon的结果.
但注意对称操作码的问题. 具体可参考拙贴.
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xi2004-emuch@163.com
4楼2009-07-02 10:15:32
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xiami9717

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 腾龙云飞 at 2009-7-2 10:06:
2、3、4的距离太长了，3、4不属于经典氢键，2在mercury中不显示是因为稍长了点，还可以算氢键

那3和4到底属于氢键啊，我试了在mercury点short contact后发现多了好多虚线，能找到2，3和4
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5楼2009-07-02 10:19:46
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huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)
★ ★
xiami9717(金币+2,VIP+0): 7-2 10:24
引用回帖:
Originally posted by xiami9717 at 2009-7-2 10:19:

那3和4到底属于氢键啊，我试了在mercury点short contact后发现多了好多虚线，能找到2，3和4

3,4不讨论应该没关系的~
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6楼2009-07-02 10:21:05
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xiami9717

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xi2004 at 2009-7-2 10:15:
请用platon的结果.
但注意对称操作码的问题. 具体可参考拙贴.

谢谢，我看过您那篇帖子了，对我帮助很大，还有一个问题，3和4是手动加氢的，没有偏差，checkcif时提示有A类错误，应该怎么解决啊？
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7楼2009-07-02 10:21:30
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xiami9717

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by huahua1216 at 2009-7-2 10:21:

3,4不讨论应该没关系的~

哦，谢谢~~
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8楼2009-07-02 10:23:12
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腾龙云飞

金虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by xiami9717 at 2009-7-2 10:21:

谢谢，我看过您那篇帖子了，对我帮助很大，还有一个问题，3和4是手动加氢的，没有偏差，checkcif时提示有A类错误，应该怎么解决啊？

3、4的氢键直接去掉，应该没什么意义
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但行好事 莫问前程 _______ 渤海之滨 黄河之津 书生侠骨 义薄惊云
9楼2009-07-02 10:25:48
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xiami9717

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 腾龙云飞 at 2009-7-2 10:25:

3、4的氢键直接去掉，应该没什么意义

哦，再次感谢
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10楼2009-07-02 10:28:22
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