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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 文献解析 » Platon和mercury描述氢键遇到的问题
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
caocao4735(金币+1,VIP+0):谢谢参与 7-2 12:44
3,4是很明显的氢键, 值得讨论.
当然, 如果你的结构有其他的特色了, 忽略之也可以.

alert A是啥? 贴出来.
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xi2004-emuch@163.com
11楼2009-07-02 10:44:23
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xiami9717

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xi2004 at 2009-7-2 10:44:
3,4是很明显的氢键, 值得讨论.
当然, 如果你的结构有其他的特色了, 忽略之也可以.

alert A是啥? 贴出来.

PLAT726 Type_2 Test for consistency of H-Bond H..A Distances and Coordinates in CIF
--------------------------------------------------------------------------------

Same as 706 but for distance without s.u. (esd). Differences are tested in
terms of Angstrom.

PLAT728 Type_1 Test for consistency of H-Bond D-H..A Angles and Coordinates in CIF
--------------------------------------------------------------------------------

Same as 708 but for angle without s.u. (esd). Differences are tested in
terms of Degrees.
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12楼2009-07-02 11:04:12
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
请用.ins 运用shelx中的XL来计算这些氢键.
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xi2004-emuch@163.com
13楼2009-07-02 11:11:41
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xiami9717

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xi2004 at 2009-7-2 10:15:
请用platon的结果.
但注意对称操作码的问题. 具体可参考拙贴.

还有一个问题，根据您那个帖子的方法，在XP中打开.ins，fmol后
arad 0.2 2 2 C3
envi C3
找不到distance是3.459的原子
那么C3-- H3A .. O1 的symmetry code应该如何确定啊？
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14楼2009-07-02 11:13:16
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xiami9717

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xi2004 at 2009-7-2 11:11:
请用.ins 运用shelx中的XL来计算这些氢键.

XL计算后只有1和2了，氢键3和4不显示了
是不是说明3和4不是氢键啊？搞得头晕了

Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and   110 deg.

D-H           d(D-H)   d(H..A)   
N6-H6N         0.902    1.955   149.06    2.767    O1 [ x, -y+3/2, z+1/2 ]
N6-H6N         0.902    2.473   130.61    3.136    N1 [ x, -y+3/2, z+1/2 ]

[ Last edited by xiami9717 on 2009-7-2 at 11:26 ]
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15楼2009-07-02 11:25:30
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腾龙云飞

金虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
这个距离如果没有特殊意义就不要讨论了
在在XP中打开.ins，fmol后
envi 2 c3
symm
会显示所有键连原子和对称操作
不过还是认为这个氢键没意义
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但行好事 莫问前程 _______ 渤海之滨 黄河之津 书生侠骨 义薄惊云
16楼2009-07-02 11:43:13
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by xiami9717 at 2009-7-2 11:13:


还有一个问题，根据您那个帖子的方法，在XP中打开.ins，fmol后
arad 0.2 2 2 C3
envi C3
找不到distance是3.459的原子
那么C3-- H3A .. O1 的symmetry code应该如何确定啊？

那可以arad 0.2 2 2 H3a
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xi2004-emuch@163.com
17楼2009-07-02 12:04:51
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
http://www.imtech.res.in/raghava/chpredict/cho.html
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xi2004-emuch@163.com
18楼2009-07-02 12:07:49
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xiami9717

木虫 (小有名气)
引用回帖:
distance H...O < 2.5Α, Cα...O < 3.9Α and Cα-H...O > 90o

根据这个来说3是一个潜在的氢键，但是为啥XL计算的时候.lst文件中不显示呢？

platon计算的氢键是不是最全的？
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19楼2009-07-02 14:45:22
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
shelx是不管这些非经典氢键的.
platon在结构检查方面在iucr是占统治地位的. 你就按platon的提示去做吧.
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xi2004-emuch@163.com
20楼2009-07-02 15:11:41
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