Platon和mercury描述氢键遇到的问题 - 晶体 - 文献解析 - 第2页小木虫论坛-学术科研互动平台

xi2004-emuch@163.com

11楼2009-07-02 10:44:23

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xiami9717

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Originally posted by xi2004 at 2009-7-2 10:44:
3,4是很明显的氢键, 值得讨论.
当然, 如果你的结构有其他的特色了, 忽略之也可以.

alert A是啥? 贴出来.

PLAT726 Type_2 Test for consistency of H-Bond H..A Distances and Coordinates in CIF
--------------------------------------------------------------------------------

Same as 706 but for distance without s.u. (esd). Differences are tested in
terms of Angstrom.

PLAT728 Type_1 Test for consistency of H-Bond D-H..A Angles and Coordinates in CIF
--------------------------------------------------------------------------------

Same as 708 but for angle without s.u. (esd). Differences are tested in
terms of Degrees.

12楼2009-07-02 11:04:12

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xi2004

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请用.ins 运用shelx中的XL来计算这些氢键.

xi2004-emuch@163.com

13楼2009-07-02 11:11:41

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xiami9717

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Originally posted by xi2004 at 2009-7-2 10:15:
请用platon的结果.
但注意对称操作码的问题. 具体可参考拙贴.

还有一个问题，根据您那个帖子的方法，在XP中打开.ins，fmol后
arad 0.2 2 2 C3
envi C3
找不到distance是3.459的原子
那么C3-- H3A .. O1 的symmetry code应该如何确定啊？

14楼2009-07-02 11:13:16

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xiami9717

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Originally posted by xi2004 at 2009-7-2 11:11:
请用.ins 运用shelx中的XL来计算这些氢键.

XL计算后只有1和2了，氢键3和4不显示了
是不是说明3和4不是氢键啊？搞得头晕了

Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and   110 deg.

D-H          d(D-H) d(H..A)
N6-H6N       0.902 1.955 149.06 2.767 O1 [ x, -y+3/2, z+1/2 ]
N6-H6N       0.902 2.473 130.61 3.136 N1 [ x, -y+3/2, z+1/2 ]

[ Last edited by xiami9717 on 2009-7-2 at 11:26 ]

15楼2009-07-02 11:25:30

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这个距离如果没有特殊意义就不要讨论了
在在XP中打开.ins，fmol后
envi 2 c3
symm
会显示所有键连原子和对称操作
不过还是认为这个氢键没意义

但行好事莫问前程 _______ 渤海之滨黄河之津书生侠骨义薄惊云

16楼2009-07-02 11:43:13

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Originally posted by xiami9717 at 2009-7-2 11:13:

还有一个问题，根据您那个帖子的方法，在XP中打开.ins，fmol后
arad 0.2 2 2 C3
envi C3
找不到distance是3.459的原子
那么C3-- H3A .. O1 的symmetry code应该如何确定啊？

那可以arad 0.2 2 2 H3a

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17楼2009-07-02 12:04:51

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http://www.imtech.res.in/raghava/chpredict/cho.html

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18楼2009-07-02 12:07:49

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distance H...O < 2.5Α, Cα...O < 3.9Α and Cα-H...O > 90o

根据这个来说3是一个潜在的氢键，但是为啥XL计算的时候.lst文件中不显示呢？

platon计算的氢键是不是最全的？

19楼2009-07-02 14:45:22

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xi2004

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shelx是不管这些非经典氢键的.
platon在结构检查方面在iucr是占统治地位的. 你就按platon的提示去做吧.