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Platon和mercury描述氢键遇到的问题

作者 xiami9717: 来源: 小木虫 1100 22 举报帖子

用Platon计算时发现存在4个分子间氢键如下
   D--H...A                D-H          H...A       D...A          D-H.....A
1 N6-- H6N.. O1    0.902(17)  1.955(17) 2.7675(16)  149.1(14)
2 N6-- H6N.. N1    0.902(17)  2.473(16) 3.1359(18)  130.6(13)
3 C3-- H3A.. O1       0.9800    2.4900 3.459(2)    169.00
4 C7-- H7C.. O3       0.9800    2.5700 3.505(2)    159.00

但是在mercury中却只发现N6-- H6N...O1和两个分子内氢键，没有2，3，4氢键，而且显示存在分子内氢键所连接的两个原子为N和O(都不带氢原子)，可能是氢键么？到底应该存在几个氢键的？大家都是如何确定氢键的? 返回小木虫查看更多

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精华评论

腾龙云飞

2、3、4的距离太长了，3、4不属于经典氢键，2在mercury中不显示是因为稍长了点，还可以算氢键
xifengjin

引用回帖:
Originally posted by 腾龙云飞 at 2009-7-2 10:06:
2、3、4的距离太长了，3、4不属于经典氢键，2在mercury中不显示是因为稍长了点，还可以算氢键

宾果
xi2004

请用platon的结果.
但注意对称操作码的问题. 具体可参考拙贴.
xiami9717

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Originally posted by 腾龙云飞 at 2009-7-2 10:06:
2、3、4的距离太长了，3、4不属于经典氢键，2在mercury中不显示是因为稍长了点，还可以算氢键

那3和4到底属于氢键啊，我试了在mercury点short contact后发现多了好多虚线，能找到2，3和4
huahua1216

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Originally posted by xiami9717 at 2009-7-2 10:19:

那3和4到底属于氢键啊，我试了在mercury点short contact后发现多了好多虚线，能找到2，3和4

3,4不讨论应该没关系的~
xiami9717

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Originally posted by xi2004 at 2009-7-2 10:15:
请用platon的结果.
但注意对称操作码的问题. 具体可参考拙贴.

谢谢，我看过您那篇帖子了，对我帮助很大，还有一个问题，3和4是手动加氢的，没有偏差，checkcif时提示有A类错误，应该怎么解决�
，
xiami9717

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Originally posted by huahua1216 at 2009-7-2 10:21:

3,4不讨论应该没关系的~

哦，谢谢~~