【求助】关于力场二面角的问题.
用gromacs进行苯环分子的MD,
我自己写苯环分子的top文件,用的是全原子力场参数.
查文献得到苯分子的二面角参数有2中形式,
一种是Torsion parameters
X-CA-CA-X 5.3 180 2
还有一个是improper torsion parameters
X-X-CA-HA 2.0 180 2
我的理解是第一中是proper dihedral 第二种是 improper dihedral ,
可是我自己觉得苯分子的二面角全是improper dihedral(因为苯分子的所有原子都在一个平面).
请大家帮我解释一下上面这2类面角的特点,结合这个苯的二面角的归属问题.
[ Last edited by lei0736 on 2009-11-13 at 21:47 ]
返回小木虫查看更多
今日热帖
京公网安备 11010802022153号
没有回复。。。。。。。。。。。。
IMproper二面角是Gromacs定义的，其他的力场好像没有这个定义，improper二面角好处是，他可以更好的限制分子的空间构型，比如平面或者是四面体，对于苯，二面角和improper二面参数都可以用，既然gromacs提供了improper，我觉得使用它更好，
1.有没有这两个torsions和improper torsions参数，和力场有关，与软件无关。
2.improper torsions作用是保证分子中的原子共平面。
仅供参考