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【求助】关于力场二面角的问题.
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用gromacs进行苯环分子的MD, 我自己写苯环分子的top文件,用的是全原子力场参数. 查文献得到苯分子的二面角参数有2中形式, 一种是Torsion parameters X-CA-CA-X 5.3 180 2 还有一个是improper torsion parameters X-X-CA-HA 2.0 180 2 我的理解是第一中是proper dihedral 第二种是 improper dihedral , 可是我自己觉得苯分子的二面角全是improper dihedral(因为苯分子的所有原子都在一个平面). 请大家帮我解释一下上面这2类面角的特点,结合这个苯的二面角的归属问题. [ Last edited by lei0736 on 2009-11-13 at 21:47 ] |
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