应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】关于力场二面角的问题.
51/1返回列表
查看: 791  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

tpp001

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】关于力场二面角的问题.

用gromacs进行苯环分子的MD,
我自己写苯环分子的top文件,用的是全原子力场参数.
查文献得到苯分子的二面角参数有2中形式,
一种是Torsion parameters
X-CA-CA-X   5.3   180  2
还有一个是improper torsion parameters
X-X-CA-HA   2.0   180   2
我的理解是第一中是proper dihedral 第二种是 improper dihedral ,
可是我自己觉得苯分子的二面角全是improper dihedral(因为苯分子的所有原子都在一个平面).
请大家帮我解释一下上面这2类面角的特点,结合这个苯的二面角的归属问题.

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-13 at 21:47 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
1楼 2009-05-26 14:30:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xuefei06

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
gwdavid(金币+4,VIP+0):3q 6-8 18:38
IMproper二面角是Gromacs定义的，其他的力场好像没有这个定义，improper二面角好处是，他可以更好的限制分子的空间构型，比如平面或者是四面体，对于苯，二面角和improper二面参数都可以用，既然gromacs提供了improper，我觉得使用它更好。
赞一下(11人) 回复此楼
3楼2009-06-08 16:38:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

tpp001

金虫 (著名写手)
gwdavid(金币+0,VIP+0):呵呵，别急 5-27 08:33
没有回复。。。。。。。。。。。。
回复此楼
迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
2楼2009-05-26 21:26:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

piaoma

木虫 (小有名气)

我的一点看法

★ ★ ★
yuhuobuku(金币+3,VIP+0):欢迎参加讨论 6-12 09:22
1.有没有这两个torsions和improper torsions参数，和力场有关，与软件无关。
2.improper torsions作用是保证分子中的原子共平面。
仅供参考
赞一下(6人) 回复此楼
5楼2009-06-12 08:16:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[找工作] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +3 i3cz6qj6l2 2026-02-17 3/150 2026-02-18 11:09 by lqtl9djx19
[考博] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +3 i3cz6qj6l2 2026-02-17 3/150 2026-02-18 10:54 by lqtl9djx19
[考研] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +3 i3cz6qj6l2 2026-02-17 3/150 2026-02-18 10:39 by lqtl9djx19
[考研] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +3 pnpwoqbg8f 2026-02-17 3/150 2026-02-18 08:53 by lqtl9djx19
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +3 pnpwoqbg8f 2026-02-17 3/150 2026-02-18 08:38 by lqtl9djx19
[找工作] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +4 pnpwoqbg8f 2026-02-17 4/200 2026-02-18 07:55 by lotyj5cz79
[基金申请] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +3 pnpwoqbg8f 2026-02-16 4/200 2026-02-18 07:40 by lotyj5cz79
[考研] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +4 pnpwoqbg8f 2026-02-16 4/200 2026-02-18 07:38 by lotyj5cz79
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +4 pnpwoqbg8f 2026-02-16 4/200 2026-02-18 07:23 by lotyj5cz79
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +4 pnpwoqbg8f 2026-02-16 4/200 2026-02-18 07:08 by lotyj5cz79
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +3 pnpwoqbg8f 2026-02-16 3/150 2026-02-18 06:53 by lotyj5cz79
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +3 pnpwoqbg8f 2026-02-17 3/150 2026-02-18 00:40 by tk2gfblvuz
[找工作] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +3 pnpwoqbg8f 2026-02-17 4/200 2026-02-18 00:23 by tk2gfblvuz
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +3 pnpwoqbg8f 2026-02-17 3/150 2026-02-17 23:40 by tk2gfblvuz
[基金申请] 基金正文30页指的是报告正文还是整个申请书 +3 successhe 2026-02-16 4/200 2026-02-17 20:56 by successhe
[基金申请] 今年春晚有几个节目很不错，点赞！ +5 瞬息宇宙 2026-02-16 6/300 2026-02-17 12:49 by jymy19840415
[微米和纳米] 球磨粉体时遇到了大的问题，请指教！ 10+3 6sbiam 2026-02-12 15/750 2026-02-16 15:03 by tgzxzqj
[基金申请] 过年走亲戚时感受到了所开私家车的鄙视链 +3 瞬息宇宙 2026-02-15 5/250 2026-02-16 14:23 by aspect3000
[基金申请] 情人节自我反思：在爱情中有过遗憾吗？ +4 瞬息宇宙 2026-02-15 5/250 2026-02-15 22:28 by baiboxie
[硕博家园] 江汉大学解明教授课题组招博士研究生/博士后 +3 cleverlyy 2026-02-12 3/150 2026-02-12 21:02 by qsdf1
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭