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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】关于力场二面角的问题.
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tpp001

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】关于力场二面角的问题.

用gromacs进行苯环分子的MD,
我自己写苯环分子的top文件,用的是全原子力场参数.
查文献得到苯分子的二面角参数有2中形式,
一种是Torsion parameters
X-CA-CA-X   5.3   180  2
还有一个是improper torsion parameters
X-X-CA-HA   2.0   180   2
我的理解是第一中是proper dihedral 第二种是 improper dihedral ,
可是我自己觉得苯分子的二面角全是improper dihedral(因为苯分子的所有原子都在一个平面).
请大家帮我解释一下上面这2类面角的特点,结合这个苯的二面角的归属问题.

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-13 at 21:47 ]
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1楼 2009-05-26 14:30:04
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piaoma

木虫 (小有名气)

我的一点看法

★ ★ ★
yuhuobuku(金币+3,VIP+0):欢迎参加讨论 6-12 09:22
1.有没有这两个torsions和improper torsions参数，和力场有关，与软件无关。
2.improper torsions作用是保证分子中的原子共平面。
仅供参考
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5楼2009-06-12 08:16:35
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tpp001

金虫 (著名写手)
gwdavid(金币+0,VIP+0):呵呵，别急 5-27 08:33
没有回复。。。。。。。。。。。。
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迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
2楼2009-05-26 21:26:10
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xuefei06

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
gwdavid(金币+4,VIP+0):3q 6-8 18:38
IMproper二面角是Gromacs定义的，其他的力场好像没有这个定义，improper二面角好处是，他可以更好的限制分子的空间构型，比如平面或者是四面体，对于苯，二面角和improper二面参数都可以用，既然gromacs提供了improper，我觉得使用它更好。
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3楼2009-06-08 16:38:02
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